數學學科有數學系、應用數學系、數學建模實驗室、信息與計算科學實驗室、數學與系統科學研究所。
物理系有應用物理系、物理實驗中心和應用物理研究所。
生物系有生物技術與工程系、生物與化學實驗中心、生物工程研究所、應用化學研究所。系統工程的研究方向是:不確定系統的分析與決策，系統優化理論與方法，礦業系統的平衡管理。
應用數學的研究方向有:最優化理論與方法、模糊系統與數學、工程數學建模與控制理論及應用等。
生物化學和分子生物學的研究方向有:糖生物化學、植物逆境分子生物學和植物蛋白工程。
理論物理的研究方向是:粒子物理與量子場論、電磁輸運理論與工程應用。系統工程
學術帶頭人:郭思聰。
學術帶頭人:郭思聰、高、張作剛。
學術骨幹:曾、彭曉華、王、董春生、李偉、呂明海。
應用數學
學術帶頭人:高
學術帶頭人:高、郭思聰、曾、彭曉華。
學術骨幹:柴巖、胡興華、王磊、包、劉偉、馬勇、
生物化學和分子生物學
學術帶頭人:劉穎
學術帶頭人:劉穎、馬丹丹
學術骨幹:李、李娜、朱、、毛永強、、王立偉、常景華、何誌明、劉錚、。
理論物理
學術帶頭人:王浩
學術帶頭人:張擁軍、王浩。
學術骨幹:李本溪、丁紅啟、聶穎、李國楨、張永義、趙龍。
(詳見遼寧工程技術大學理學院-學科建設-學科介紹)