丟失文件的替換程序如下:
1.職工本人提供身份證、戶口本原件及復印件，向勞動保障部門申請檔案更換備案。
2.職工所在用人單位或職工個人到職工原招聘部門、市檔案館、用人單位屬地檔案館或其他有關部門查找、復制以下職工檔案要素:工齡確認表、工資檢查卡、勞動合同、招工錄用手續、農村知青插隊落戶花名冊及地點、入伍登記表、退伍登記表、軍官轉業批準報告單等原件及復印件材料。上述材料的復印件必須加蓋歸檔單位的公章方為有效。
3.職工檔案要素無法填寫的，由同級勞動保障行政部門根據社保基礎信息記錄的信息出具證明。
4.補辦職工檔案，實行勞動保障管理權限屬地化原則，即經同級勞動保障行政部門審核，材料齊全、內容真實的，由同級勞動保障行政部門出具勞動關系確認書。
5.檔案原則上不自行保管，屬於機密資料。
《中華人民共和國檔案法實施辦法》第十三條機關、團體、企業事業單位和其他組織應當按照國家檔案局關於檔案移交的規定，定期向有關國家檔案館移交檔案。
屬於中央、省和設區的市級國家檔案館接收範圍的檔案，應當自檔案形成之日起二十年內向有關國家檔案館移交；屬於縣級國家檔案館接收範圍的檔案，應當自檔案形成之日起10年向有關縣級國家檔案館移交。
經同級檔案行政管理部門檢查同意，專業性較強或者需要保密的檔案可以延伸到相關檔案館；被撤銷的單位的檔案或者因保管條件差可能不安全或者嚴重損壞的檔案，可以提前移交有關檔案館。