《山海經》記載和描述了壹些自然地理現象。例如，關於華山的險峻，《山海經》記載:“太華之山分四向，高五千米，寬十裏，鳥獸無處棲。”如此果斷地抓住了華山最重要的特征，生動地反映了華山的地理面貌，堪稱中國最早的山地地理書。《山海經》在描述壹條河流時，壹定要寫明它的起源和流向，還要註意它的支流或流入支流的水系，包括壹些水流的暗流和潛流，還有鹽池、湖泊、井泉的記載。比如關於河流的季節變化，教水的描寫:教山教水出來。西流入河，冬幹夏流，只幹河。
焦水是壹條季節性河流，流入黃河，冬幹夏流。這些記錄是對自然進行科學觀察的結果，具有壹定的地理意義。《山海經》記載了大量原始地理知識，如南方的溶洞、北方河流的季節變化、不同氣候帶的地理景觀以及動植物的分布特點等。