由於量大、不全、問題眾多，各種帶有研究成果性質的檢索工具書應運而生。1932年，湯種出版了《宋代研究》壹書。1939年，日本學者江田忠在湯種研究宋的基礎上，編纂了《姬旭宋手抄本目錄》。1937年，小沼定期整理了宋代需要的糧食產品目錄。1958年，法國學者艾蒂安和巴拉茲將手稿集編入《宋代目錄》。1970期間，東方圖書館宋史研究會在前人的基礎上編寫了《宋代研究筆記》。臺灣大學王德義於1980出版了《宋代手稿人名索引》。1982年，日本東洋文學再次為宋史研究會出版了《宋代的編撰與食索引》。1984和1986年，王運海先後發表了《宋代手稿匯編研究》和《宋代手稿匯編考證》。1995年，陳誌超的《解開惠之謎》出版。這些著作和工具書的出版，為宋代藏書的使用提供了極大的便利。
然而，由於其自身的缺點，在使用和檢索上存在許多障礙。首先，稿件不全的問題比較突出。總的來說，手稿集的完整長度是從太祖到寧宗，計十三朝。但正是在這壹點上，許多頁面仍然不同程度地不完整。有些頁面甚至缺失，比如官員沒有樞密院門，士兵沒有軍門。其次，編譯中有大量冗余頁面。《永樂大典》用韻來安排事件，所以《宋瑤回》的同壹個文本會用不同的韻來安排，這樣就形成了復現的局面。再次，由於整理稿過程中安排不當，常見多門、前後倒置、時機不對。第四，匯編本身就是壹個未完成的手稿需要整理，所以沒有目錄，這也給審稿工作帶來了相當大的不便。第五，《手稿集》自清中葉《永樂大典》編纂以來，長期處於草稿狀態。雖然有影印件，但由於沒有經過徹底整理，很難找到相關史料。