首先，他以明代儒學為例指出，宇宙萬物都是由物質“氣”構成的，氣是客觀存在的，支配著萬物。世界上所有的人和事物都是由氣產生的，不僅如此，氣還是永遠存在的。
其次，他批判了宋儒“理在先，理可生氣”的觀點，指出理就是氣的理，沒有氣就沒有理。
他進壹步提出，理性與和諧是不可分的。從物體的起伏來看，這是氣；物體的起伏、沈浮的規則和順序是理性的。
最後，黃宗羲從唯物主義的角度闡述了氣、理、心三者的關系，並對割裂三者的觀點進行了批判。他認為離開氣是無所謂的，氣是宇宙萬物的本源。但他有時將心等同於氣，並傾向於混淆精神和物質。