1.中國中醫藥科技發展戰略研究院:科研機構，主要職責是對中醫藥科技和產業進行前瞻性研究，編輯中醫藥報刊和書籍，組織學術講座。
2.科技處:是為山西中醫藥大學的教學科研活動提供保障和支持服務的管理部門。其主要職責是制定科技發展規劃，組織科技合作，管理知識產權。
3.中藥鑒定分析中心:是負責中藥成分鑒定分析的實驗室，也是山西省中藥和食品石化產品的檢測認證機構。
4.針灸推拿研究所:是開展針灸推拿臨床轉化、創新和交叉融合研究的機構。重點探索現代醫學與中醫結合的前沿領域，促進中西醫結合的發展。
5.生物醫學工程研究所:是以生物醫學工程為主要研究方向，以醫學圖像處理與分析、醫療儀器開發與應用等為重點的科研機構。
以上是山西中醫藥大學幾個有代表性的科研機構。