由於長期的辛苦工作，尚誌軍壹直睡眠不足，身體終於疲憊不堪。他的血壓仍然很高，頭暈目眩。到了1974，不僅不能做研究，上班也有困難，最終臥床不起。當時他痛苦萬分，認為自己的願望無法實現。然而，經過壹年多的休息和治療，尚誌軍的身體逐漸好轉，他萌發了整理資料的想法。重抄皖南醫學院油印出版的壹部名醫別錄遺失手稿，1977。就在這時，壹個外地的朋友告訴他，他看到了丟失的《名醫別錄》手稿，不過已經改成了別人的名字。此稿經有關部門調查後收回，由人民衛生出版社1986出版。
後來尚誌君整理了1978的《神農本草經及其文獻研究》，由閩南醫學院出版，1981。1980年編《山海經植物藥考釋》，1981年編《日華子本草》，1982年編《海藥藥性理論與本草》。1983渭南醫學院油印出版了這些整理好的手稿。1985年《詩經》藥物考證編，1987年《雷公藥對編》(1990年皖南醫學院油印出版)，1988年《本草文獻大綱編》，1989年。1990編入《中醫文獻精粹》，現在正和本草的校對工作正在進行中。
經過幾十年的頑強鬥爭，尚誌君收集了失傳或殘缺的古代醫學典籍，恢復了其歷史面貌，為今後的醫學史研究提供了可靠的歷史依據和完整的文獻。他編纂的每壹本書、每壹條都參考了大量文獻，並註明了文獻來源。比如新修訂的《本草》中的校註多達6663條，讀者可以查閱。
尚誌君通過對大量本草文獻的整理和研究，澄清了許多似是而非的問題。比如關於《本經》所載365種藥物的問題，他認為《本經》中的藥物原數不是365種，而是道人陶弘景將原數由369種改為365種，以配合壹年有365天的事實。他還認為《本草綱目》第二卷所載的《本精藥目》是後人從《證本草》白字《本精藥目》改編而來的。