主要著作有《元代西域人漢化考》、《校勘說明》、《歷史禁忌舉例》、《鏡花緣》等。他的許多作品成為歷史領域的經典，被翻譯成英文和日文，在美國、德國和日本出版。1951年11月，在懷仁堂舉行國宴時，我和陳遠坐在壹起，向別人介紹:“這是陳遠，博覽群書，是我們國家的國寶。”
陳垣在元史、歷史文獻學、宗教史等領域都有深刻的研究。人們稱陳垣先生為宗教史專家，這是事實。幾乎沒有他不研究的宗教。他在宗教史研究上拓展了中西文化交流史研究的學術成果，是對民國學術界的壹大貢獻，也是當時中國學術界少有的推陳出新、與國際漢學界接軌的前沿成果。
同時，陳垣在研究歷史文獻時，十分註意研究目錄的整理和工具書的使用。文獻學在陳垣的學術生涯中占有重要地位。從某種意義上說，他為現代歷史文獻學的建立奠定了基礎。他在版本、目錄、校勘等方面的著作，已成為我們研究中國古代文史的重要書目。
陳元對中國的教育做出了巨大的貢獻。廣州光華醫學院、北京孤兒勤工儉學園、北京平民中學相繼成立。曾任國立北京大學、北平師範大學、輔仁大學教授、導師。1926-1952，輔仁大學校長。1952-1971年，北京師範大學校長。從事教學工作74年，曾在私立學校、小學、中學、大學任教。他擔任大學校長46年，為祖國培養了大批人才，桃李滿天下。他對教學極其負責，有先進的教育思想，創造了許多新課程，沿用至今。
此外，他還有強烈的愛國意識和民族氣節。七七事變爆發後，北平被日軍占領。他臨危不懼，與敵人進行了堅決的鬥爭。在大學講壇上，他談到了顧的《日》和全的《伊記》,這兩本書贊揚了反清的民族英雄，以此鼓勵學生愛國。同時，他還以歷史研究為武器，不斷出版歷史著作，抨擊敵偽漢奸，表現出不屈不撓的民族氣節。