隆慶元年，林兆恩第壹次將原著編成集子，稱為《盛薛彤總》三十余卷。此後，不同的文集相繼問世，如《林子聖宗三教文集》、《三教分立文集》、《聖宗非三位壹體之心文集》、《林子全集》、《林子三教正宗論》、《林匯編》等。國內外不同版本的林兆恩全集共有16種，代表性介紹如下:
1，林子升薛彤宗返儒三教集，4卷，藏於日本尊敬閣圖書館。據日本學者酒井忠雄(Tadao Sakai)介紹，本集共17篇，其中嘉靖年間7篇，隆慶年間4篇，萬歷元年至萬歷三年間3篇，年代不詳3篇。因此，雖然集前有《道臺》三年多的序和《洪四年總序》，但集時不會早於萬歷三年。
2.三教三教集錦簡介，10卷，62卷，藏在龍裏的日本野酒。據《樹林年譜》記載，萬歷十六年，林兆恩“命陳大道收集三教各集並編，村名《樹林集》、《三教筆記》，共十卷。可見該書出版於萬歷十六年。據千尋·丘諾說，這本書以萬歷十六年林兆恩寫的序言為序，每篇文章獨立成冊。
3.《樹林全集》分20卷和40卷，保存在日本內閣圖書館。據河野介紹，此集收錄作品80余種，包括林的《萬三十四年林中故事集序》和江的《晉安故事集序》，以及林安的《萬歷二十八年後記》，可見其收錄時間不會早於萬三十四年。
4.《樹林全集》，32卷，112卷，日本學習院收藏。據小柳誌貴說，書分元、恒、李、貞四信。元有7卷30本，恒有7卷20本，李有9卷，甄有9卷33本。收集的文章和日本內閣文庫《樹林全集》基本相同。
5.《樹林全集》，48卷，美國普林斯頓大學收藏。據美國學者朱迪思·柏林(Judith Berlin)介紹，這本集子是明朝崇禎四年版。完整的作品雜亂無章，是任意排列造成的，存在壹部作品割裂開來，放在不同的卷內的現象。
6.《樹林全集》，41卷，崇禎四年版，北京圖書館。據《四庫全書總目提要》卷125《雜類》，林兆恩所撰，並稱是其師傅塗所編，共分元、恒、李、鎮四集，每集65，438+00卷。這個記載是錯誤的，即《林泉子集》應該是《林子全集》，塗應該是塗，40卷應該是41。這本書刻於崇禎元年，完成於崇禎四年。據《金陵壹廳》記載，這本書是“根據前老師在日本寫的舊稿，無字更易寫。正所謂不忘，亦以舊章為據”。
7.《臨淄匯》匯編，30卷118，由北京圖書館和南京大學圖書館保管。我見過的南京大學圖書館的每壹本書都是獨立成冊的，前面是林《臨淄存初集序》、蔣《存初集序》、林兆恩《臨淄汾內集註序》。據清同治十二年方俊所作《後記》記載，該書並非全集，可能有幾十卷丟失。筆者將《臨淄邊輝目錄》與日本內閣圖書館《臨淄全集目錄》進行了比較，發現兩部藏書中的文章以及文章的排列順序基本相同。據此可以推斷，《臨淄邊輝》和《臨淄全集》是同壹本書，只是名稱不同，只是在冊頁號的裝訂和卷號的劃分上有所不同。
8.《林中三教正宗論》，36卷。福建師範大學圖書館、莆田、仙遊民間、臺灣省民間都藏有此書。據《臨淄行》記載，該書編撰於萬歷二十二年十壹月，編撰理由為“禮部遷文書，買天下遺書，郡急求教主書。創始人被原版燉了，就命陸子說:‘有改就改。‘壹有機會，我這輩子寫的書都會被錄下來，編輯給所有的學者看，這是基於有很多重疊的書，但我都編好了給蔡羽編輯。’陸子成下令將《經學》、《汾內集》、《汾鑒》、《標誌》、《簡悅》、《詩雨》等書重新編輯，命名為《林中三教正宗統壹》，共36卷。這裏提到的陸子就是盧文輝。編纂工作於萬歷二十三年基本完成。因“為禮部所收”，時間緊，初版集“不免重叠缺篇，刪校，須合六十余卷才能見之，仍不便讀者”。當盧文輝提倡道教和漢水時，他對其進行了補充和編輯，以消除其重復。此外，對《四法書》的摘抄和續編更是刪減，與道經的解釋不謀而合。三教目的高明，在* * * 30有六卷，被亨利珍分成四封。體量並不復雜，而且盡人皆知，遊客皆大歡喜。”林兆恩在《萬歷二十三年寫的《三教正宗合壹論》序言中也說:“是陸勝文慧主編的《聖學大壹統論》原著的合集。差不多有36卷，總標題叫《三教正宗統壹的統壹》。“楓的藍圖是《聖學通宗》。
《付梓》最終於崇禎十七年前後編入《林中三教正宗論》。據《目錄》記載，當時盧文輝正在莆田涵江地區傳教。“求教的人最多，建廟很多余，但藏書仍未完成。”萬歷四十六年，盧文輝臨終前命陳忠禹說:“祖師崇尚道教，精神命脈在四季。《昨日的生活》只是付梓留給後人的匯編。時至今日，仍有壹些人未被收藏，與我制作。”陳忠禹接受命令，完成了《付梓》的編纂。查壹下《林中三教正宗論》的序言和後記。最晚的是崇禎十七年。可以推斷，這本書是在這壹年或者更晚的時候完成的。萬歷二十三年，盧文輝說:“恢復編纂三教統壹學說的任務並沒有完成”。
《林中三教正宗論》是現存林兆恩全集中很好的壹部集子，本書采用此書。原因有三:
(1)《林中三教正宗統壹論》的主要主編盧文輝是林兆恩親自選定的接班人。林兆恩的孫子齊嶽曾這樣評價盧文輝:“閻正(即盧文輝)聰明正直，純潔無瑕，道法儒釋道，旌鳴玄禪的秘傳真是傳道者，這也是三派的壹面紅旗。”我的老父親真的愛他，尊重他，當他回來時，他說，'唯壹遵循我的教誨的人是盧生。‘如果我壹百歲了，妳應該做好事，不要忽視我的話。’《林中三教正宗統壹論》初編完成後，林兆恩審閱了整個書稿，對盧文輝的編輯工作表示滿意，說:“這本集子考慮得相當周到。”因此，這本書可以更全面、更準確地反映林兆恩的思想。其他的文集，如《臨淄全集》、《臨淄社編》等，都是付梓在沒有經過林兆恩審閱的情況下，由弟子自發編撰而成，其史料價值自然略遜於《臨淄三教正宗論》。
(2)《臨淄三教經典》是在《聖典》的基礎上，吸收了歷代藏書的精華，如《分內集》、《夏衣集》、《夏三集》、《分簡》、《表變集》、《簡悅集》、《詩雨集》、《復初集》等，反復編輯而成。第36卷還附有盧文輝的《壹中入門》、《性靈詩》、郭增昭的《道學論》，對研究三位壹體的演化有重要價值。
(3)《臨淄全集》和《臨淄匯編》在福建省的外文期刊上都很流行，也有壹部分在海外失傳。但《林中三教正宗統壹》在福建省多次再版，福建三位壹體基督教徒視之為經典，對福建三位壹體宗教產生了很大影響。三位壹體宗教的主要流行地區在福建。以《林中三教正宗論》為主要文獻研究林兆恩的思想，也有利於科學研究三位壹體宗教的演變。
林兆恩全集國內外有多種，如:(1)《三教統壹論》，6卷20冊，北京圖書館藏《明萬歷二十八年版》。(2)明日即將出版的《林中三教正宗合壹》卷107，由臺灣中央研究院歷史語言研究所收藏。(3)《樹林全集》(40卷)被日本尊敬閣內閣圖書館收藏。(4)《樹林全集》(39卷)保存在日本內閣圖書館。(5)《樹林全集》(第119卷)由日本京都大學人文研究所收藏。(6)日本京都立大學藏《樹林全集》，卷本不詳。(7)日本彭左圖書館藏《樹林全集》，版本不詳。(8)《樹林全集》，卷本不詳，美國元清研究所收藏。
為了更好地了解不同館藏中收藏的內容和更全面地了解林兆恩大師的著述，我們現將《三教正宗林論》(以下簡稱《正宗論》)、《北京圖書館林全集》(以下簡稱《全集》)、《日本內閣圖書館林全集》(以下簡稱《全集》)和《普林斯頓大學林全集》(以下簡稱《全集》)
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臨淄三教卷帙浩繁，閱讀不便。於是，萬歷二十三年，“陸子令祖師嚴格搜集整理真跡，制成三十六卷:《夏宗智經》三卷，《夏訓石經》三卷，《如來經》三卷，《妙玄晶》。日本大阪外國語學院雖有三位壹體大師夏武倪凈(又名夏武真鏡)的藏書，但殘缺不全，僅有5卷，15卷。現存的福建師範大學歷史系和莆田仙遊民間的《夏日午後》經典，是民國二十七年根據光緒十九年刻本再版，扉頁上有“光緒貴思夏五再版”和“莆田黃翔婺源堂”字樣。書前有光緒十九年梁普堯撰寫的《夏午經匯編》序言。《夏吳真鏡》和《夏吳真鏡》是兩部不同的書。不知道為什麽給夏武真鏡附上了《重印夏武真鏡》的序言。前言後有方展梅民國二十七年寫的後記。後記後有孔子、老子、釋迦牟尼、三位壹體四幅畫像。《夏日午後真經》雖然是由臨淄三教正宗合壹編撰而成，但內容各有不同。比如《夏日午後真經》包含14字，這是《臨淄三教合壹正宗》中沒有的。這些字多為五字四字。
萬歷二十五年，林兆恩“為卷帙浩繁的經書所憂，命陸子先將經書要編，供收藏者索閱。每四卷題名為《三位壹體領袖夏武尼經典匯編》，寫了壹卷《景訊》。三位壹體領袖編撰夏武尼經典，又稱夏武尼經典編撰或夏武真經典編撰。***4卷。第壹卷:夏宗智《經典匯編》第15章，《道教易經匯編》第16章；第二冊:末世大乘經9章，夏訓釋經15章，如來經4章；第三卷:《米妙玄晶》第五章，《大成石經》第四章，《反身精誠晶晶》第三章；卷四:《杜易編》第九章、《中和經編》第10章、《明光經編》第13章、《東經編》第10章。現藏於莆田仙遊民間的《夏日午後真經》編撰於光緒二十三年。
註意:
的全名是夏武尼的真名，又名夏武和林遜。有14章景訊，4章朱升雅言，淩星，信達，易道三交，張松等。現存的《莆田仙遊民間景訊》是15再版本，作者為順治年間董適。