[4]可汗準備退兵時，李陵的壹名士兵膽敢叛變，報告了李陵內部的軍情。告訴可汗，李陵身後沒有援軍，教可汗的手下制作可以反復射擊的弓箭。單於隨後繼續與李陵作戰。最終李陵寡不敵眾，只留下四百多漢兵突圍。李陵被匈奴抓住，投降了。大臣們譴責李陵不怕死，向匈奴投降。漢武帝讓太史令司馬遷聽聽他的意見。司馬遷說:“李陵帶的步兵不到五千。他深入敵人腹地，打擊了數萬敵人。雖然打了敗仗，但是他殺了那麽多敵人，他也可以告訴全世界。李陵不肯馬上死，所以他壹定有主意。他壹定是想贖罪，報答皇上。”漢武帝聽了，認為司馬遷為李陵辯護，是有意貶低李廣利(李廣利是漢武帝寵愛的妃子的弟弟)，勃然大怒，說:“為投降敵人的人辯護，這不是故意反對朝廷嗎？”他把司馬遷關進監獄，交給廷尉審問。司馬遷入獄後，此案落到了當時惡名昭彰的酷吏杜周手裏。杜周對司馬遷嚴刑拷打，司馬遷忍受著各種殘酷的肉體和精神折磨。面對殘暴的官員，他從不屈服，也不招供。司馬遷在獄中不斷自問:“這是我的罪過嗎？這是我的罪過嗎？我是朝臣，不能發表意見嗎？”很快，就傳言李陵帶領匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，草率地殺了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因為這件事被判了死刑。第二年，漢武帝殺了李陵全家，以貪汙罪懲罰司馬遷。貪腐是奇恥大辱，汙了祖宗，結交了親友。司馬遷在獄中受辱，“交友不慎，被木繩鐐銬，暴傷皮肉，榜上有名，隱居於墻中。這時候看見獄卒，先抓地，看見徒弟就著急”(司馬遷《報任安》)。差點殺了他。他想死，但想到多年收集資料，說:“人固有壹死，或重於泰山或輕於鴻毛。”寫史書是我的夙願，所以為了完成史記的寫作，我不得不忍辱負重，希望有機會。公元前96年(太史元年)，漢武帝改元朝，大赦天下。此時司馬遷50歲。出獄後，他成了壹名秘書。在別人眼裏，他可能是在“尊重自己的立場”，但他還是專心致誌地寫他的書。直到公元前91年(鄭和二年)完成《史記》壹書，130篇，52萬余字。