李自成死於湖北通山縣九宮山，在前幾年召開的全國李自成座談會上，得到了專家的證實。但是，李自成究竟是怎麽死的，壹直存在爭議。《明朝李自成傳》想不通他的殉道。近年來，李自成殉難有如下說法:
上吊理論
上吊的人也上吊了。是根據清軍總司令阿齊格給朝廷的報告，報告說:“...當他逃離自己的國家時，他只有二十個人，所以他被村民們困住，無法逃脫，所以他上吊自殺了。”但後人認為李自成身經百戰，勇敢堅強，不存在自殺的可能。而且阿齊格的說法不是親眼所見，所以真實性很低。
戰鬥理論中的死亡
《銅山縣誌》中的記載是:“九叔聚在小園口先殺賊”；但《程氏宗譜》記載:“賊李嚴，被剿於牛脊山下”；沒有壹處明確指出程九伯確實殺了李自成，只是說他殺了李延。那麽李炎是誰呢？李炎和李自成可能是什麽關系？他們可能是同壹個人嗎？
但查閱《米脂縣誌》、《延安府誌》等李自成故裏的史料後發現，關於李自成的生名、姓名有多種說法，但並無引申。
非正常死亡理論
誤死就是誤死。清初吳的《隋口略》中說:李自成率二十騎到九宮山，吩咐兵士留在山下，自己上山參觀廟。當地村民“懷疑他們是強盜”。當他們跪拜李自成的元帝雕像時，背後有蓮花鈴，頭部受傷，李自成當即暈倒“起不來了”。這時候村民壹擁而上，“砸碎腦袋”死了。村民搜他們的錢時，發現了“金印”，知道殺錯人了。“大駭，逃出後山。”
戰鬥至死論
康熙年間費米寫的《廢書》中說:“李自成引十八騎，從銅山過九宮山嶺時”，村民“聞賊來，壹夥登山客攻石，敗十八騎。”李自成赤手空拳與山民程九博搏鬥。程九伯不是對手，李自成倒地騎在程九伯身上，“拔刀殺之”。但刀上沾了血，滲了泥；有段時間沒拔出來。就在這時，程九伯的侄子金從後面用鐵鍬猛擊李自成的頭部，當即死亡。
嘉善寺的禪隱理論
觀點:1981年，湖南石門甲山寺發現壹座古墓。考古學家發現，墳墓的主人馮天瑜和尚是按照這壹習俗埋葬的，這與當地的埋葬習俗不同。最後，通過各種物證，他認為馮天瑜和尚很可能就是李自成。
但疑點顯而易見:在馮佳玉山出家的歷史中，馮佳玉與當地官員交往密切，而李自成“陜北口音，四十多歲壹點，壹只眼睛瞎了”的外貌特征相當明顯，很容易暴露身份，顯然與他的身份不符。
青城隱退理論
李自成親屬提出的觀點
在位於青城鎮魏茨灣村的家中，發現壹份《李氏宗譜》，編輯於康熙三年(1664)。經過調查研究，得出了壹個全新的結論。李自成戰敗後，喬裝成和尚，在榆中青城投靠叔父李斌。晚年，李自成住在附近的山溝裏，葬在龍頭堡子山腳下。