錢乙的學術內容，首先是五臟辯證法。他反復閱讀《顱經》這本書，裏面有脈診法和小兒疾病的診斷，各種方法都有記載，於是錢乙仔細研讀了這本書，並在當時的診療中加以運用，於是他根據這本書和自己的臨床經驗得出了五臟辯證法。
然後錢乙告訴他的孩子，他其實提倡養生的方法，這個方法在後世也得到了科學的證實，因為錢乙認為孩子的內臟非常嬌嫩，所以孩子的消化功能不是特別完善，所以吃飯的時候只要吃七分飽就可以了。如果孩子不想吃，也不用追著吃。如果孩子們餓了，他們會自動把自己吃掉。所以，錢乙認為，為了孩子的成長，當然沒有必要強迫他們做什麽過分的事情，不能穿得太多，不能吃得太多，喜歡吃的東西也不能給太多，所以這個方法其實對現在很多孩子都是有用的。
還有錢乙的面部診斷法。錢乙通過觀察孩子們的面部和眼睛來判斷他的五臟六腑的疾病，所以他可以通過這種方式更好地治療孩子們的疾病。這種方法現在實際上被擴展了。