綠林好漢起義後，賈府聚集數百人響應，自稱將軍。在建立了另起爐竈的政權後，他帶領他的人民加入了劉璇的兄弟，漢中王劉嘉，並被任命為隊長。後來，賈府勸說劉嘉脫離劉璇，因為另起爐竈的政權日益腐敗，局勢岌岌可危。
光武即位後，賈府被任命為皇軍的統治者和狀元。先令渡河圍困洛陽，擊敗了另起爐竈的將軍陳橋布。不久，洛陽的指揮官朱碧投降了。但當時，重新做人的大王尹尊和其他將領還在南方，尹尊和他的手下最強。賈府又自告奮勇當先鋒，於是令其攻勝連戰，尹尊投降。然後乘勝東進，攻打淮陽太守，另起爐竈，風波也就平息了。隨後又相繼攻克洛陽東南的鹽城、昭陵、淮陽、新溪等地。建武三年(公元27年)，升為左將軍，率軍至新安(河南澠池縣東)、澠池(河南澠池縣西)，攻打赤眉軍。後來南下在益陽(今河南省益陽西)與光武會師，最終迫使赤眉軍登陸。建武十三年(公元37年)，光武統壹全國。賈府被封為膠東侯、石義六郡，是將軍中最多的。他得知光武，統壹後“欲止戰亂修德，不要豪傑養都”，於是免去其軍職，邀侯家特為朝廷效力。高密侯鄧禹，率先倡儒，“閉門養威，以易經學義”。當時，英雄等人推舉賈為丞相。光武雖然嚴格執行“英雄不用”的未經許可的政策，但仍然允許賈府、鄧禹、李通推進國家大政方針，在英雄中最受寵愛。