就古籍而言,鄭和“七下西洋”的追隨者們寫了《星查藍星》、馬慈的《英雅勝覽》、龔珍的《西域記》,其中關於南海和南海諸島的記載給我們留下了寶貴的資料。當時的航海著作,如顧彥1527的《海查的魯愚》、黃忠的《於海》等,對南海的航行、島礁分布和地理面貌都有詳細的描述。當時出現的所有海防工程都將南海諸島視為中國海防的“門戶”和“天險”。例如,在20世紀30年代的《海防綱要》壹書中,西沙群島等島嶼被列為中國的海防區域。
就地方誌而言,明清是地方誌的鼎盛時期。許多政府編纂的地方誌,如《廣東通誌》、《瓊州府誌》、《萬州誌》等。,都含有西南中沙群島的信息,被列為海南島的附屬島嶼。《廣東通誌》記載,鄭德七年(公元1512),在萬州設立海防營。從鄭德的《瓊泰誌》也可以看出,西沙和南沙群島在當時已被視為中國的海防區。
明初,海南建立了統壹的地方行政機構——瓊州府,隸屬廣東。恢復崖州、儋州、萬州。把南海諸島劃歸萬州管轄,萬州隸屬瓊州府。明確劃分為“南澳氣”、“七洲洋”、“萬裏沙”、“萬裏石塘”等四個島群(即東沙、西沙、中沙、南沙群島)。
清代早中期基本沿襲明制。清末,東沙群島屬徽州管轄。西沙群島、南沙群島、中沙群島仍歸海南萬州管轄。此後,南海諸島壹直由兩個不同的國家級地方行政機構管轄。