湖泊漁業生產活動和水生野生動物保護依照有關法律、法規的規定執行。
法律、法規對自然保護區內的濕地、風景名勝區、湖泊的保護另有規定的，從其規定。
重要湖泊可以根據其功能和實際需要，單獨制定地方性法規或者政府規章，加強保護。
本條例適用於水庫的水汙染防治。第三條湖泊保護應當遵循保護優先、科學規劃、綜合治理、永續利用的原則，實現保面(容)、保質、保功能、保生態、永續利用的目標。第四條湖泊保護實行名錄制度。在本省行政區域內，湖泊保護名錄由省人民政府水行政主管部門會同發展改革、環境保護、國土資源、農業(漁業)、林業、建設(規劃)、交通運輸、旅遊等有關行政主管部門編制和調整。根據湖泊的功能、面積和確保保護的原則，由省人民政府確定並公布，報省人民代表大會常務委員會備案。第二章政府職責第五條縣級以上人民政府應當加強對湖泊保護的領導，將湖泊保護納入國民經濟和社會發展規劃，協調解決湖泊保護中的重大問題。跨行政區域的湖泊保護工作，由上壹級人民政府和所在區域人民政府負責。
跨行政區域的湖泊保護機構及其職責由省人民政府確定。
跨行政區域的湖泊保護機構應當切實履行湖泊保護職責，協助本級人民政府及其有關部門做好湖泊保護工作。第六條湖泊保護實行政府行政首長負責制。
上級人民政府應當對下級人民政府的湖泊保護工作進行年度目標考核，考核目標包括湖泊數量、面積(容積)、水質、功能、水汙染防治、生態等。具體考核辦法由省人民政府制定。
湖泊保護目標年度考核結果應當作為地方人民政府主要負責人、分管負責人和部門負責人任職和獎懲的重要依據。第七條縣級以上人民政府水行政主管部門主管本行政區域內的湖泊保護工作，履行下列職責:
(1)湖情普查和信息發布；
(二)制定湖泊保護規劃和湖泊保護範圍；
(三)湖泊水功能區劃的編制和調整；
(4)湖泊水質監測和水資源統壹管理；
(五)防洪抗旱水利設施建設；
(六)涉湖工程建設項目的管理和監督；
(7)湖泊生態修復；
(八)法律法規規定的其他職責。
縣級以上人民政府水行政主管部門應當明確相應的管理機構負責湖泊的日常保護工作。第八條縣級以上人民政府環境保護行政主管部門在湖泊保護工作中履行下列職責:
(壹)編制湖泊水汙染防治規劃；
(二)水汙染源頭的監督管理；
(3)湖泊水環境質量監測和信息發布；
(4)水汙染的綜合控制和監督；
(五)審批涉湖建設項目的環境影響評價文件；
(六)組織和指導湖泊流域城鄉環境綜合整治；
(七)法律法規規定的其他職責。
縣級以上人民政府農業(漁業)行政主管部門在湖泊保護工作中履行下列職責:
(壹)設定禁漁區，確定禁漁期；
(2)漁業種質資源保護；
(三)漁業養殖監管；
(4)農業面源汙染防治；
(五)組織制定和實施漁業開發利用保護規劃；
(六)法律法規規定的其他職責。
縣級以上人民政府林業行政主管部門在湖泊保護中履行下列職責:
(壹)濕地自然保護區和濕地公園的建設和管理；
(二)環湖生態防護林和水源涵養林建設；
(3)湖泊和濕地的生態修復；
(4)保護湖泊生物多樣性；
(五)法律法規規定的其他職責。
縣級以上人民政府發展改革、財政、建設(規劃)、國土資源、公安、交通、旅遊等其他行政管理部門應當按照各自職責做好湖泊保護工作。第九條縣級以上人民政府應當建立健全湖泊保護部門聯動機制，實行由政府負責人召集、相關部門參加的湖泊保護聯席會議制度。
聯席會議由政府負責人主持，日常工作由水行政主管部門承擔。