該書於明萬歷六年(1578)定稿，萬歷二十四年(1596)在南京正式出版。《本草綱目》共52卷，收載藥物1892種，其中新藥374種，收集方劑11096個，約190萬字，分為16部分，60大類。
《本草綱目》的歷史意義
這本書的第壹欄是目錄、例子和圖畫的總表。第壹卷是序言，主要介紹歷代本草學和中醫學的基礎理論。首先列舉並簡要評述了《神農本草經》、《名醫別錄》、《雷公焙論》、《唐本草》等41種本草著作，基本反映了明代以前本草發展的概況。
此外，還引用了277種醫學書籍，440種數百種經典和歷史書籍，並列出了其中的717種。通過引用前人專著，如神農經典名例，陶幽名醫驗方之治，集藥分六氣齡事，七方十劑，五味宜忌，五味優，標本陰陽，沈浮，臟腑臟腑之方，引經據典，相須使彼此忌恨。
相反，中醫理論已經通過各種藥物、食物禁忌、妊娠禁忌、飲食禁忌、李東垣的帶癥用藥通例、張子的發汗嘔吐法、陳藏氣的各種虛損用藥通例進行了系統的整理。
三卷、四卷為諸病適應癥，大體沿襲宋代以前《本草》中“萬病通用藥”的老例，以諸風等113種病證為綱，將適應癥劃分為主治，或在病項下劃分若幹證候，並列出了藥物的用法，並將草部、菜部、果樹等重新確立為小環節，其適應癥詳列，編纂有序，便於臨床參考。