在古代，人們被壹些尖銳堅硬的物體意外擊中，如石頭和荊棘，意外的疼痛得到緩解。古人開始有意識地用壹些尖銳的石頭刺傷身體的某些部位或者人為地刺穿身體使其出血以減輕疼痛。古籍中多次提到針灸的原始工具是砭石，稱為砭石。這種石頭石頭出現在距今約8000年至4000年前的新石器時代，相當於氏族公社制度的後期。人們掌握了挖磨技術，可以制作壹些適合刺入體內治療疾病的精美石器。這種石器是最古老的醫療工具。人們用“砭石”刺穿身體的某個部位來治療疾病。在當時，卞氏在外科手術中更常用於化膿性感染的切開引流，因此也被稱為針石或結石。《山海經》說:“有石似玉，可作針用”，這是石針的早期記載。在中國的考古中發現過石匾。可以說，砭石是後來刀針工具的基礎和前身。
艾灸是在火的發現和使用之後產生的。人們在用火的過程中，發現身體某壹部位的疼痛可以通過燒、烤來緩解或減輕，進而學會用動物皮或樹皮包裹滾燙的石頭、沙子進行局部熱熨，並逐漸發展到點燃樹枝或烤幹草來治療疾病。經過長時間的探索，選用具有溫經通絡作用的易燃艾葉作為艾灸治療的主要材料，在體表局部進行溫熱刺激，使艾灸和針灸壹樣成為防病治病的重要方法。由於艾葉易燃香，資源豐富，易於加工保存，後來成為艾灸最重要的原料。
“針刺”逐漸發展為針灸，“熱熨”逐漸發展為艾灸，是針灸療法的前身。
針灸起源於中國，歷史悠久。傳說針灸起源於三皇五帝時期。據說伏羲發明了針灸，他“嘗藥百種，制針九針”(東漢醫學家皇甫謐在《帝王世紀》中記載)。根據古代文獻《山海經》、《內經》中有用石頭刺破癰的記載，《玉子》中有“七年之病，三年之愛”的說法，根據近年來我國各地發掘的歷史文物，“針灸療法”的起源在石器時代。當時人們在遭受某種疼痛或不適時，會不自覺地用手進行按摩和拍打，甚至用尖銳的石器按壓疼痛和不適的部位，使原有癥狀減輕或消失。最早的針卞氏誕生了。隨著古代智慧和社會生產力的不斷發展，針逐漸發展為青銅針、鐵針、金針和銀針，以及沿用至今的不銹鋼針。相傳華夏文明的始祖伏羲是中醫針灸的發明者。傅不僅畫八卦、結繩成網、教人野外狩獵，還“嘗百藥而制九針”(東漢皇甫謐《道德經》記載)、“嘗草而制邊”(南宋《道史》記載)。卞氏是卞氏，中華民族最早的針灸。艾灸的起源與行為的發現和使用密切相關。當身體不舒服時，可以通過烘烤來減輕，然後用各種樹枝做灸具，逐漸發展成艾灸。
針灸治療方法是在漫長的歷史過程中形成的，其學術思想是隨著臨床醫療經驗的積累而逐漸完善的。1973長沙馬王堆三號墓出土的醫用帛書有《足臂十壹脈灸經》和《陰陽十壹脈灸經》，論述了十壹脈的循行分布、癥狀和灸治，形成了完整的經絡體系。《黃帝內經》是現存文獻中最早、最完整的中醫經典著作，形成了完整的經絡系統，包括十二經脈、十五絡脈、十二經脈、十二經脈、與經絡系統相關的標本、根瘤、奇街、四海等。尤其是在《靈樞經》中，對腧穴、針刺方法、針刺適應癥和禁忌癥作了詳細論述。繼《內經》之後，針灸理論由戰國時期的神醫扁鵲加以補充和完善。
晉代醫學家皇甫謐潛心研究《內經》等著作，撰寫了壹部針灸經典。該書全面論述了臟腑經絡理論，發展和確定了349個穴位，論述了穴位的位置、適應癥和操作，介紹了針灸方法和常見病的治療，是對針灸的第二次總結。