清代檔案內容極其豐富，涉及政治、經濟、軍事、文化、外交、宗教、教育、司法、民族、風俗、天文、地理、氣象、水利、地震、災害、外國侵華、農民戰爭、宮廷生活、皇室事務、法律法規等各個方面。
清代檔案的發現。
清光緒二十四年、五年(1898、1899)，內閣金庫年久失修，因雨水滲漏需要修繕。為了方便施工，將把存放在圖書館的壹部分檔案移走，暫時存放在圖書館北面的文華廳，其余部分仍裸露在圖書館的墻內。厚春親王攝政需要查閱清初多爾袞攝政大典的舊檔案，但無法查閱。所以他認為圖書館裏沒用的文件太多了，就讓他們燒了，被批準了。當時張之洞以大學士的身份管理系裏的事務，邀請大圖書館收藏的書籍交給系裏，成立系圖書館。該系輔導員羅振宇參與交接。羅振玉“看見朝廷裏堆的紅書，高如小山、土堆，都是按時間順序排列，結尾整齊”，偶爾翻看其中兩本，壹本是乾隆時漕運總督的奏折；另壹件是乾隆年間兵部尚書阿桂征金川時的奏折，兩者第二次相連。”羅振宇問為什麽把產品放在法庭上。重要的是壹開始就玩燒東西，不要破壞。”強烈建議張之洞奏停燒，把要燒的部分交給本部，存放在國子監薛楠大廳和本部。
民國成立後，教育部接管了清部保管的檔案。1913教育部在國子監設立歷史博物館籌備處，負責保管清朝檔案。1916辦公地點移至午門，將國子監及本部原有檔案移至午門、端門。但這些珍貴的檔案並沒有得到妥善保管，只挑出比較完整的放在午門的大門上，其余的都裝在麻袋裏，放在端門的門口。1921年，政府財政困難時，教育部以4000元的價格將端門門洞存放的8000麻袋(約15萬斤)檔案賣給北京西單通茂增智店作為造紙原料。羅振宇得知此事後，以原價三倍的價格，即12000元買回了這批檔案，這批珍貴的清朝檔案壹直保存至今。這就是檔案史上著名的“八千麻袋事件”。
清代檔案的整理。
清代檔案數量眾多，種類繁多，內容復雜，形式多樣，不利於保管和利用，必須進行系統整理。
首先，檔案分全宗。全總是指壹個獨立的機關、組織或著名人士在各種活動中形成的全部檔案。全族原則是當今世界檔案界公認的壹項檔案整理原則。歸檔必須以整個宗族為單位，同壹宗族的檔案不得分散，不同宗族的檔案不得混放在壹起。這樣才能維護文檔之間的歷史關系，便於管理和利用。
區分全宗後，需要對檔案進行分類，即把每個全宗檔案按照不同的標準劃分為不同的類別，然後在每個類別下劃分為不同的項，再在每個項下劃分為子項。常用的分類方法有:按文檔名稱(語言類型)分類、按問題分類、按機構分類、按年份分類、按年份分類等。
整個宗族中的檔案分類後，要根據檔案的不同情況進行歸檔，即根據檔案的特點，如原因、名稱、作者、收發機關、時間、地域等，組成壹個單獨的檔案。檔案是文件最基本的存儲、統計和檢索單位。清代檔案立卷可分為詳細立卷和簡單立卷。詳細歸檔要求對卷內文件逐壹進行整理、排列和編號，並填寫“卷內文件目錄”和“卷末參考表”。簡單的歸檔不需要壹個壹個的撿，只需要按順序，並附上參考表。
以上整理後，還要編制文件目錄、名片等檢索工具，做到有章可循，有目的可查。
清代檔案收藏。
中國第壹歷史檔案館藏有清代檔案900多萬件。包括清朝入關前九年(1607)，順治元年(1644)至入關後宣彤三年(1911)，以及末代皇帝溥儀退位後，住在紫禁城，住在天津的張遠、靜園(6544)包括內閣、兵部、公仲，共73例。除了中文檔案，還有滿、蒙、藏等少數民族文字的檔案，以及英、日、俄、拉丁文等外文的檔案。
中國第壹歷史檔案館保存的清朝檔案，幾乎涉及清朝歷史的方方面面:內政方面，包括官職、官制、警護、禮儀、法庭、墓葬、戊戌變法、預備立憲等；軍事方面，包括營制、武職官員的晉升與薪酬、軍事訓練、軍事工程等；在外交方面，它包括邊境承包、開放貿易港口、支付和雇用聯系人等。鎮壓人民反抗包括鎮壓太平天國、撚軍、義和團、辛亥革命等反清鬥爭和秘密結社。民族事務包括從清朝到宣彤末年，瑤族、黎族、蒙古族、回族、藏族、維吾爾族、傣族、高山族、哈薩克族等30多個民族的情況。財政，包括稅收、鹽務、捐運、倉儲、倉儲、漕運、基金、貨幣和金融；在文化教育方面，包括有關科舉考試、國子監、書法各館、清末舉辦的各種學校和文字獄的檔案，以及少量戲曲檔案；工業交通，包括驛站、車站，清末鐵路的修建，郵電業務的開通；司法方面，包括土地房屋糾紛、金錢債務糾紛、盜竊詐騙案件、家庭婚姻糾紛、貪汙賄賂等刑事和民事案件；天文地理包括編纂出版歷書，記錄日月星辰變化，日食，地震等。
位於臺灣省臺北郊區雙溪的故宮博物院是另壹個清朝檔案的集中保存中心。醫院有204箱清代檔案。其中，宮廷檔案31件，兵部檔案47件，清史檔案61件，日常登記50件，傳記9件，詔令2件，圖書1件，舊滿洲檔案1件，雜項檔案2件，共計40余萬件。宮內內容主要是滿文和漢文的朱批奏折及其附件；軍部檔案主要分為兩類:月折包和檔案冊；國史館檔案包括清代國史館檔案和民國初年清史館檔案，主要包括紀、誌、表、傳的各種手稿及相關資料。
四川省檔案館現有清代檔案11.5萬余卷，包括巴縣、重慶、川東、建昌等地。其中，八仙檔案是我國現存最早、規模最大的清代地方政府檔案，從乾隆二十二年(1757)到宣彤三年(1911)，已有11.3萬余卷的歷史。
遼寧省檔案館藏有清代檔案20多萬卷。從天命、天聰(1616~1635)到光緒、宣彤(1875-1911)的歷代文獻均有保存，其中壹部分原藏於沈陽故宮崇墨。壹部分是偽滿洲國時期國立奉天圖書館保存的奉天交涉本部、盛京將軍及部分縣的檔案。
此外，山東曲阜孔府還有順治至宣彤的檔案6527卷。西藏自治區檔案館藏有大量清代藏文檔案。北京、吉林、黑龍江、內蒙古、青海等地方檔案館都有不同數量的清代檔案。
值得壹提的是，還有許多珍貴的清代檔案散落在國外和世界各地。這部分檔案主要存在於以下機構:英國公共檔案館、大英博物館、倫敦大學；國家檔案館、國會圖書館、哈佛大學、斯坦福大學、東方圖書館；前蘇聯科學院以及法國、荷蘭等國的壹些檔案館和圖書館。
清代檔案出版。
用青花雲龍紋瓶編纂出版檔案史料，是開放清代檔案利用的重要途徑。清代檔案編纂可以將檔案史料編成書籍，從不同角度、不同需求出版。它具有主題性強、內容集中、使用方便等優點。，使用戶不用去檔案館就能閱讀到所需的檔案史料，有利於檔案的長期廣泛流通。檔案文獻的編纂大多經過編者的校勘、加工和標點，有的還有批註、註釋、序言、插圖、年表、例文等。，對讀者有壹定的指導和參考作用。許多檔案文獻集相繼出版。如《籌辦洋務始末》、《帝國主義與中國海關》、《清代舊金山史料》、《清代外交史料》、《中法戰爭》、《辛亥革命》、《天地會》、《義和團史料》、《洋務運動》、《康熙公館筆記》、《戊戌變法檔案史料》等。
1981以來出版的《歷史檔案(季刊)》雜誌，是壹份以出版明清檔案為主的知識性、學術性刊物。主要發布第壹歷史檔案館的檔案，設有檔案歷史、檔案介紹、檔案介紹、檔案圖書評價等欄目。
臺灣省省立故宮博物院自1969起出版《故宮檔案(季刊)》，定期出版清代歷史檔案。
清代檔案的歷史價值。
這些保存至今的清代檔案，是17世紀初至20世紀初300多年歷史的真實記錄，是我國保存最大、最集中的古代檔案，是研究清朝歷史的第壹手資料。清代學者章學誠曾高度評價檔案的史料價值。檔案是最真實、最可靠的第壹手史料，可以“彌補歷史的缺失、參考歷史的錯誤、歷史的細節、歷史的延續的不足”
中國自古以來就有利用檔案編史、修誌的優良傳統，而檔案通常存放的地方就是編史、修誌的地方。乾隆三十年十二月，《居居筆記》(本草)所引檔案近二十種。清代學者龔自珍利用檔案編纂了《蒙古圖冊》。阮奎生每次遇夜勤，都“推三蠟枝，晚間瀏覽(檔案)不厭”，並由此寫成《茶客談》壹書。
檔案作為壹種史料，也有其自身的局限性，即不完全性。就反映壹個復雜的歷史過程而言，檔案可以具體、詳細、生動地反映壹個具體的過程。但對於整個過程來說，所反映的歷史事實要麽缺少開頭，要麽沒有結果，要麽缺少壹個過程或環節，往往是由於年代、自然災害、自然破壞，不像系統的歷史著作能夠系統地反映歷史事件的背景和全貌。另外，總體來說，檔案是原始的歷史記錄，是真實可信的。但並不是每壹份檔案都是可信的，或者是贗品，或者是真品，但由於各種復雜的因素，其記載已經嚴重失實。“有檔案總比沒有檔案好”，所以有時候需要用書籍等文件來補充檔案的不足。