古籍整理研究所。成立於1983。是教育部批準的實體研究所。主要從事宋代的整理、出版和文化研究。有全國罕見的豐富數據庫。該研究所在宋代文化研究領域進行了深入的研究，並發表了巨大的學術成果。
歷史研究所。成立於1980。經教育部批準，是壹所集部院壹體的研究所，包括中國古代史研究、中國近代史研究、世界歷史研究、考古學研究、史學史與史學理論研究、西南民族史研究、專門史研究、文獻學研究八個方面。在先秦史、魏晉南北朝史、專門史、中國近代史、世界史、西南民族史等研究領域有多項全國壹流的研究成果。
城市研究所。成立於1990。中國城市史、區域城市比較研究與城市發展規劃。城市史研究和區域城市比較研究在國內處於領先地位。許多傑作已經出版，以填補空白。
巴蜀文化研究中心。成立於2000年。有蜀文化、巴文化研究，區域文化交流研究等方向。近年來發表了壹系列高水平的學術成果，在同類研究中處於壹流水平。
人類學研究所。成立於2005年。由壹批青年教師編寫，得到了學校和國內外眾多同行專家的支持。
三國文化研究中心。有三國文化研究，三國誌校勘研究等方向。其研究成果引起了日本、韓國和北歐國家的關註，研究水平居全國前列。
旅遊規劃設計研究所。成立於2000年。承擔省市科研項目21項，主持或參與完成地市級、縣級旅遊發展總體規劃和旅遊營銷計劃16項。學院教師編著出版專著20余部，在國家級核心期刊和重要報刊上發表論文80余篇，對當地旅遊業的發展提出了許多有價值的觀點。其中省級教改項目“旅遊管理課程體系改革與區域旅遊發展的成功結合”獲2000年四川省省級優秀教學成果壹等獎，四川大學校級優秀教學成果壹等獎。
旅遊經濟管理培訓中心。成立於1998。積極為旅遊企業和旅遊行政管理部門提供崗前培訓和在職培訓，已為省、地(市)旅遊行政管理部門和旅遊企業培訓中高層管理人員和從業人員5000余人。