第九條基金委下設國家出版基金管理委員會辦公室(以下簡稱“基金辦”，暫設在新聞出版總署財務司)，負責起草基金項目申報指南，建設、使用和管理出版基金專家庫，組織基金項目的評審、檢查和績效考核，受理基金項目的投訴和舉報，管理國家出版基金資金， 監督資助項目的實施和資助資金的使用，完成基金委員會交辦的工作。
第十條各省、自治區、直轄市、計劃單列市及新疆生產建設兵團新聞出版行政部門(以下簡稱“省級新聞出版行政部門”)負責審核、匯總和上報所轄出版機構申報的資助項目，監督資助項目質量，進行年度檢查和竣工驗收，並承擔基金辦委托的其他任務。中共中央有關部門，國務院各部委、各直屬機構、直屬事業單位，全國人大辦公廳、全國政協辦公廳、最高人民法院、最高人民檢察院，各人民團體新聞出版主管部門，解放軍總政治部宣傳部新聞出版局(以下簡稱“中央主管部門”)， 和中央直屬企業負責審核、匯總、上報本系統本部門、本出版機構申報的資助項目，並負責資助項目的質量監督、年檢和結算。
第十壹條項目承擔者負責資助項目的具體實施，並按規定管理和使用資助經費。基金資助項目承擔機構的法定代表人對基金資助項目的管理和基金資助資金的使用負直接責任。