宋元時期，中醫取得了更加顯著的成就。由於印刷技術的進步，這壹時期的醫藥典籍具有種類多、數量大、質量高的特點。官方版本有《太平方》、《聖跡總錄》和《太平惠民和記局方》。有100多種私人研究，如蘇神梁芳和方士在。在疾病診斷方面，有崔的《脈法》和朱震亨的《脈法指掌病圖》。在婦科方面，有陳·《婦女良方》等。在兒科方面，有錢乙的《兒科醫學證治訣》、陳文忠的《兒科疾病源流論》、《小兒痘病診斷論》。在法醫學上，有宋慈的《冤獄集》。在針灸方面，有王的《銅仁穴針灸圖說》和的《神針要訣》。《傷寒論》包括龐安時的《傷寒論》、朱軍的《傷寒論》等。隨著中醫學的發展，不僅內部分支更加細化，還出現了代表不同理論特色的醫學流派。金元四大家各有各種著作來闡述他們的醫學理論。如“寒派”劉著有《疑病癥問式》、著有《儒林外史》、“攻派”李著有《儒林外史》、《溫補》等著有《脾胃論》。朱震亨，“養陰派”，著有《格致輿論》、《經局戲》等。他們的著作從不同方面豐富了中醫。