泌尿外科方面，除前列腺切除術、腎輸尿管切開取石術、腎輸尿管膀胱腫瘤根治術、前列腺癌根治術、泌尿系畸形根治術等各種常規開放手術外，微創腔鏡手術也取得了顯著成績。中西醫結合微創治療良性前列腺增生和泌尿系結石是我科的特色和優勢。其中，經尿道前列腺電汽化術、經皮腎輸尿管鏡碎石術、經尿道輸尿管鏡碎石術、膀胱鏡碎石術、體外碎石術、尿道狹窄切開及腹腔鏡精索靜脈結紮術、腎上腺腫瘤切除術、腎腫瘤切除術、腎囊腫去頂術等基本取代了傳統的開放手術治療。特別是泌尿系結石的治療，我科可不經手術治療90%以上的結石(包括腎結石及輸尿管、膀胱、尿道結石)，采用我科先進的內鏡設備、彈道超聲碎石系統、雙體位體外碎石機，配合我科獨特的“益氣排石湯”等綜合療法，具有排石快、療效好、副作用少的優點。目前正在積極開展壹次性多系統、多器官、多病種的微創手術，使傳統方法需要多次手術的各種疾病患者，只需在壹次麻醉下即可完成多次微創手術，具有損傷小、痛苦小、住院時間短、醫療費用相對低廉等特點。中西醫結合治療男性生殖系統疾病取得了滿意的臨床效果。對於頑固性陽痿、早泄、不孕癥及各種性病，采用現代先進的實驗設備進行檢查診斷，結合中醫辨證治療，具有診斷快速準確、治愈率高、不易復發的優點。廣州市中醫院婦科技術力量雄厚，擁有主任醫師、副主任醫師多名。負責本轄區“120”和婦產科危重病人的搶救工作。發揮中醫優勢，中西醫結合是我科的治療特色。不孕不育專科多年首創宮、腹腔鏡聯合介入治療輸卵管梗阻性不孕，並配合中藥內服促進排卵、強化黃體功能、調經，大大提高了不孕不育患者的治愈率。在治療急慢性盆腔炎、各種先兆流產、習慣性流產方面，治療藥物獨具特色。在嚴密觀察病情的情況下，采用中藥保守治療異位妊娠，免除了患者手術的痛苦。中西醫結合治療各種婦科良惡性腫瘤，開展多項高難度手術。開放式子宮切除術、陰式子宮切除術、腹腔鏡微創手術、婦科癌癥手術、宮頸leep椎體切除術。中藥用於預防各種術後並發癥，促進術後恢復。開展計劃生育手術(無痛人流、上環取出、輸卵管結紮、輸卵管引流、造影)。
婦科門診開設各種婦科專科:子宮肌瘤、不孕癥、月經病、子宮內膜異位癥、盆腔炎、盆腔痛、子宮脫垂、更年期綜合征、宮頸疾病、計劃生育、性病。特殊檢查項目包括:陰道、宮頸分泌物常規和特殊檢查(淋病、支原體、衣原體培養)，艾滋病、梅毒、皰疹病毒、尖銳濕疣等性病檢查，女性內分泌激素水平測定。廣州市中醫院成立於1956。1963醫院改為廣州市中醫院後，壹批名老中醫調入醫院，其中包括省名中醫區張紹，使兒科具有了強大的中西醫力量。幾十年來，兒科保持了門診量大、住院率高、治愈率高的特點，治愈了多種疑難重癥，成功搶救了多起集體氯氣中毒、集體食物中毒等群體性事故，成功搶救了近年來嬰幼兒腎結石、手足口病、甲型流感等重大公共衛生事件。，為國民健康做出了積極貢獻。兒科病房條件有了很大改善，技術力量雄厚，醫療設備不斷更新。目前兒科配備門診、病房、急診科三套醫護人員，其中主任醫師4名，副主任醫師6名，主治醫師、住院醫師，以及包括廣東省南粵優秀研究生在內的多名博士、碩士研究生。兒科開設有咳喘、小兒雜病、消化、腎病、食療、兒童性早熟、兒童多動癥、營養不良、兒童保健等專科。特別是咳喘專科采用中西醫結合、防治結合、食療結合等。治療兒童呼吸道疾病，如支氣管炎、肺炎、喘息性支氣管炎、支氣管哮喘、過敏性咳嗽等疾病，療效突出，深受群眾歡迎。兒童性早熟也吸引了很多南京、杭州、海南等外地患者來我院就醫。病房門診全部采用四針、捏脊、拔罐、穴位貼敷等中醫方法和霧化吸入等現代醫學方法治療各種兒科雜病，開展兒童保健，效果滿意。綜合醫院兒科和同德門診部也設立了24小時兒科急診，五羊門診部設有日間門診，隨時為群眾服務。
成立兒科教研室，承擔廣州中醫藥大學等多所高校學生的實習教學任務。碩士生導師2名，培養了多名兒科研究生。多項科研項目分別得到了廣東省自然科學基金、廣東省中醫藥局、廣州市衛生局的資助，並參與了國家科技支撐計劃中的小兒腹瀉中醫合作研究，具有較強的醫、教、研實力。廣州市中醫院內分泌科是國家中醫藥管理局“十壹五”重點專科糖尿病協作組成員，廣州市著名中醫科室建設單位，衛生部骨質疏松癥診療醫療質量協作基地。床位26張，配備主任醫師2名，副主任醫師2名，主治醫師1名，住院醫師3名，其中碩士生導師2名，醫學碩士6名，廣州市優秀中醫臨床人才2名。醫院培養的“師徒”有1人。內分泌科中西醫結合治療糖尿病及其急慢性並發癥取得了顯著療效。經過多年的臨床實踐，形成了壹系列治療糖尿病的中藥方劑，如桂龍丸、羌活外洗方、治療糖尿病腎病的芪丹飲、治療糖尿病皮損的曹玲外洗方等。，都有突出的療效。壹套具有中醫特色的糖尿病足綜合治療方法，具有住院時間短、費用低、截肢率低的優點，深受患者好評，吸引了市內外患者。
該科室是最早使用胰島素泵的醫院之壹。目前已有10高級胰島素泵用於1型、部分二型糖尿病和酮癥，使血糖在短時間內快速平穩降至正常水平，大大縮短住院時間。部分壹段時間未服用口服降糖藥的二型糖尿病患者，可恢復胰島功能，繼續服用原口服藥物或減量，使血糖得到良好控制。壹些新診斷的二型糖尿病患者在使用胰島素泵壹段時間後，可以恢復胰島的功能，降低胰島素抵抗，並且在壹段時間內不需要註射和藥物，血糖也可以維持在良好的水平。這項技術目前處於國內領先水平。在治療甲狀腺疾病、骨質疏松、血脂異常、脂肪肝、痛風、垂體和腎上腺疾病等方面取得了良好的效果。如治療甲狀腺疾病的“A方”，對治療甲亢突眼、甲狀腺腫療效顯著，深受患者歡迎。中西醫結合治療骨質疏松引起的腰痛、關節痛、下肢痙攣有較好的療效。2009年6月成為衛生部醫療質量萬裏行-骨質疏松癥診療技術協作基地首批成員。廣州市中醫院針灸科是廣東省“十壹五”中醫重點專科，針灸碩士研究生培養基地。科室技術力量雄厚，學科隊伍結構合理。目前有主任中醫師3名，副主任中醫師4名，主治中醫師多名，康復治療師3名。博士中，1人獲得博士學位，7人獲得碩士學位；省級優秀臨床人才培養對象2名，市級優秀臨床人才培養對象3名，醫院“師徒”人才培養對象2名；博士生導師1人，碩士生導師2人，培養了多名博士和碩士生。針灸科由針灸病房和針灸康復門診兩個功能科室組成，專科醫療設備和特色中醫專科設備配備齊全。病房固定床位26張，實際開放床位40多張。針灸康復門診有8個專科治療門診，50多張治療床位。科室配備了心電監護除顫器、腦循環功能治療儀、空氣波生物波壓力循環治療儀、激光、低中頻脈沖電治療儀、電針機、牽引床、足浴治療儀等壹大批針灸、康復、理療設備。設備齊全，滿足臨床業務需求。
科室堅持以“以病人為中心，以醫療質量為核心，以服務態度為重點，以發展中醫特色針灸療法為目標”作為科室的發展宗旨。中醫科特色鮮明，臨床效果顯著。擅長將傳統針灸與特殊針灸(如電針、溫針、火針、水針、皮內針、埋線、平衡針、耳針等)相結合，治療神經系統疾病、疼痛綜合征及各種系統功能障礙性疾病。)，尤其適用於腦血管疾病、高血壓、腦動脈硬化、神經衰弱、震顫麻痹、各種骨關節病(頸椎病)。各種風濕性關節痛(肩周炎、急性腰扭傷、腰肌勞損、坐骨神經痛、關節炎等。)、面癱、多發性神經病、三叉神經痛、各種腦癱(小兒麻痹癥後遺癥、智力低下、中風、腦炎後遺癥等。)、肥胖、亞健康等疾病有系統的計劃，療效理想，贏得了患者及家屬的好評。近年來，該科開展了火針治療帶狀皰疹；壓灸百會穴主要治療椎動脈型頸椎病；刺血治療偏頭痛；“金三珍”治療中風後偏癱、失語、血管性癡呆；埋線療法治療慢性胃炎:針藥結合治療帕金森病取得了良好的效果，被國家、省、市科技部門研究，並在基層醫院推廣。該系學術氛圍濃厚，科研實力雄厚。目前已完成國家、省、市級課題研究10余項，在國家級、省級醫學期刊上發表論文50余篇，出版專著近10部，獲得省教委科技進步三等獎壹項，廣州中醫藥大學科技進步壹等獎壹項。