雲臺觀興盛於明代。永樂十壹年(1413)九月初九，蜀國蜀國諸侯春竹派大臣修復雲臺觀陳宮樓，重修正殿。天順五年(1461)，雲臺觀住持謝、何宣城集資重建樓，毀於士兵。成化二年(1466)，蜀為雲臺觀修建琉璃瓦。鄭德十年(1515)，明武宗派大臣到雲臺觀造玉帝像，為雲臺觀建碧瑤臺，下建玉璽臺，上建八角樓，題“天壹閣”。萬歷十六年(1588)，蜀賜錢監時三重門。萬歷二十七年(1599)，明神宗贈雲臺觀壹本正統道藏。[1]萬歷三十二年，雲臺觀發生火災，天壹閣及其兩廊被燒毀。神宗派太監到雲臺觀監督修復。據明代滿萬安《重修雲臺觀碑》記載，雲臺觀在明代經過十余次修繕，殿堂雄偉，規模巨大。
清康熙八年(1669)，道士從武當山來到青城山宣講全真龍教，跟隨四川五友之壹的張青雲方丈陳進入雲臺觀，雲臺觀成為全真龍教傳人的叢林。光緒十二年(1886)，雲臺觀發生火災，錢坫、陳宮建築被毀。三臺及周邊八縣士紳捐金練兵，錢坫、陳宮樓改建成妖堂。
雲臺觀現存明清古建築有:玄天宮、黃三殿、城隍廟、慈航閣、青龍殿、白虎殿、十殿、九房、靈官殿、降妖殿、藏經閣、梓潼殿、茅庵殿(供奉開山祖師趙發英)、香亭、木牌樓、鐘樓、鼓樓、回龍閣、廊亭。從山門到玄天宮綿延兩裏多。
主體建築玄天宮為六柱五開間單檐歇山式，鬥拱木梁均為彩繪，至今色彩鮮艷。寺廟的屋頂覆蓋著黃綠色的琉璃瓦，形成三個菱形的圖案。大廳中央供奉著三尊鐵雕像。
另壹個重要的建築，惡魔大廳，宏偉壯觀，有30根10米高的柱子，兩個人圍著。正殿中，真武帝雕像從泥塑中降下，高三米，氣得跌跌撞撞，手持寶劍。