在藥物治療方面，古人長期使用常山、蜀漆。《本草綱目》中說:“常山、有劫痰止瘧之功，惟須祛邪提陽之後。如果運用得當，就會看到神奇的效果；如果用錯了方法，真氣會疼。六經瘧、五臟瘧、痰濕、積食、痢疾瘧，必須分陰陽兩虛，不能壹概而論。”
特別是常山，壹千多年來壹直被用作控制瘧疾的常用藥物。東晉方士葛洪曾寫過壹本實用的古代“急救手冊”，名為《肘背》(又名《肘背救死》、《肘背救急》)。所謂“肘背”，就是指它不長，可以掛在肘後，方便攜帶。這本書主要記錄了古代壹些常見疾病的簡單急救處理方法，包括瘧疾。
《肘後瘧疾》共32方，其中使用常山方14方，占34.8%。葛洪《常山方應用筆記》中也有“取首服，不可休”和“取最佳服”的經驗。
此外，孫思邈在《錢進方》中記載了34種治療瘧疾的方法。除了9首引用的外，其余25首中有64%使用了常山或蜀漆。《外太秘藥》85個抗瘧方中，除《金匱要略》、《肘後》、《千金方》外，新增方藥39個，其中多達76%的方藥使用常山。
特別值得壹提的是，除了長山山，黃花蒿的方子還被收入《肘後治虐》。用法極其簡單:“壹手拿著青蒿，用兩升水染壹下，擰汁，全部服下。”