德國博物館所在的島嶼是位於慕尼黑伊澤爾河上的壹個島嶼。這個島在中世紀的時候曾經作為伐木的地方,但這是在1772之前。因為不時的洪水總會在壹段時間內淹沒這個島,所以島上沒有建築。1772年,島上建起了Isar兵營。1899洪水後,重建建築物,增加防洪設施。1903年,市議會宣布在島上修建德國博物館。該島的名字也從kohleinsel改為museumsinsel。
除了主博物館,德國博物館在慕尼黑和波恩附近還有兩個分館。波恩分館1995開館,1945後專註德國科技。德國博物館最新的分館位於慕尼黑的Theresienh?何,2003年開業,展示交通技術。