2016年9月研究院官網顯示，研究院擁有博士後流動站1個，壹級博士點2個，二級學科博士點3個，壹級學科碩士點2個，二級學科碩士點3個。* * *工作人員410人，研究生300人；截至2065438+2006年7月，學院已招收506名研究生。
中國科學院重點實驗室:中國科學院城市環境與健康重點實驗室、中國科學院城市汙染物轉化重點實驗室。
中國科學院創新中心:中國科學院城市大氣環境研究卓越創新中心。
各級研究中心:城市生態健康與環境安全研究中心、城市環境汙染控制與資源化技術研究中心、城市環境工程與循環經濟研究中心、城市生態環境規劃與管理研究中心、中國能源研究中心、大氣環境研究中心。
廈門市重點實驗室:廈門市城市代謝重點實驗室、廈門市室內空氣與健康重點實驗室。
廈門研究中心:廈門水環境安全與水質保障工程技術研究中心。