清代蒙古社會的主流信仰是藏傳佛教，在文化上也深受藏族的影響。史學方面，有著名的私家撰史書《水晶指南》和道光年間的《嬰兒念珠》。《水晶鏡》由烏拉特中旗喇嘛金巴·多格所著，以藏傳佛教格魯派的世界觀，記述了藏、蒙、漢的歷史地理，以及佛教的傳播和高僧的事跡。《嬰兒的念珠》的作者高爾丹，曾在吐蕃吐蕃部蒙奇衙門做筆糊工。《寶貝念珠》以天地開天辟地、印度西藏王侯起源為開頭，然後是蒙古歷史，對廓爾喀歷史的記述特別詳細。其他史書還有羅布·藏丹金的《黃金史》、查紮木蘇的《千輻金輪》、老人納塔的《金珠》、拉西·蓬蘇克的《水晶珠》等。清代蒙古史書除了繼承前代藏文史籍的傳統外，更多地使用了漢文和滿文史料，蒙、藏、漢、滿文的關系成為史書中的重要內容。比如《水晶指南》中不僅包含了唐朝玄奘取經的路線，還詳細記錄了蒙古各部依附清朝的具體時間和過程，以及清初的重大歷史事件。這壹時期蒙古史書的另壹個特點是列舉參考文獻和引文，留下了豐富的蒙古文書目。
《圖協圖漢畫像》孫娜《楚克圖甫金》在考證盛行的清末，漢族學者也更加重視對蒙古歷史地理的研究。戚雲石的《宗室略說》、的《蒙古遊牧民族》、何的《朔方北城》等都在其中。晚清時期，中國學者接觸到了外國的蒙古史著作，元史研究達到了壹個新的高度。出現了洪鈞翻譯的《元史》、柯紹文的《新元史》和屠呦呦的《蒙古史記》(後兩部為民國初年所作)等重要著作。在文學藝術方面，中國的小說、詩歌和京劇對蒙古社會上層產生了巨大的影響。清代的著名小說，如《聊齋誌異》、《紅樓夢》等，在寫成後不久就傳入蒙古。清末蒙古族作家尹湛納希創作了長篇章回小說《清史演義》《哭訴紅亭》《壹樓》等，部分詩作傳世。賽音諾彥郡王車登巴贊爾收集了許多京劇和昆曲的劇本，後來被稱為“車王賦曲本”。在民間文學中，出現了“巴達爾欽”和“巴郎桑格”的傳說，壹種叫“Uk”的評點開始流行，壹些藏、印民間故事也被吸收到蒙古文學中。