內容包括《靈樞》、《蘇文》、《難經》三部經典的註釋。在…之中
在《靈樞》的註釋中，采用了明代馬元泰的《黃帝內經靈樞》全文註釋和清代張誌聰的《黃帝內經靈樞》註釋。
關於蘇文的註釋，采用了唐代王冰主編《黃帝內經》對蘇文的註釋，明代馬元泰對《黃帝內經》對蘇文的註釋，清代張誌聰對《黃帝內經》對蘇文的註釋。
《難經》註釋僅取元代華伯仁註釋《難經》本義的註釋。各派註釋文字旗幟鮮明，析其精微，探其隱意，勾其玄機，明辨是非，頗有賣弄黃彩，為更多人的旨趣。為脈診法、外診法、臟腑形態等。
其中《脈診》和《外治法》摘錄了30多部醫書中關於四診的論述。檢查、聽、問、切相結合，結合患者不同的年齡、性別、體型、稟賦、運動等進行疾病的臨床診斷；看病，脈診要因時、因地、因人制宜。文字簡潔、生動、詳細、實用。對於“臟腑形體”的內容，* * *收集了50余部重要的醫學典籍，詳細闡述了臟腑理論、經絡理論、運氣理論、形體理論，詳細闡述了中醫基礎理論的精髓。它是臨床疾病的診斷和治療。在…之中
“諸病”是內科常見病。本文對古代醫籍中52種常見疾病的診療信息進行了收集和討論。
外科部分，多以元代竇漢卿的《瘡瘍經驗》、元代齊德之的《外科精要》、明代王肯堂的《辨證論治準則》、陳世功的《正宗外科》和婁英的《醫學簡編》為藍本。列舉11門，如癰、疥瘡、出血、丹毒、癤、癬等。
婦科方面，收集的文獻多以婦科經典為依據，分為月經、後代、產前、臨產、產後、崩漏等，並有詳細論述；
兒科部分，內容最豐富，分兩部分詳細描述，多達100卷。上半年兒童常見疾病52種，包括胎兒護理、新生兒護理、各種疾病的診斷和治療。專著的後半部分詳細介紹了中醫對天花、麻疹的治療經驗。所選文獻中有壹部分來自現在已不多見的古代兒科著作。設置了總論、傳記、藝文、編年史、雜記、外編等內容。
《通論》從《易經》、《周立》、《靈樞》、《蘇文》等經典著作中摘錄了壹些關於醫學的概括性信息。《醫學名人列傳》收集了清初以前著名醫學家的傳記1000多部。
《文藝》是歷代醫書和壹些醫學家詩文中很有價值的序。
《編年史》是記載中國傳統醫學的史書和筆記；
“雜論”是相關書籍中記載的醫學事跡和寓言。
“外編”指的是非醫學書籍中記載的醫學傳說等內容。
《醫部古今圖書大全》收集了春秋戰國至清初的醫學著作100余種，進行了分類整合。它的結構嚴謹，層次分明，有據可查，內容詳盡。該書對醫學書籍的整理和醫學著作的整合起到了積極的作用，對中醫的發展起到了積極的推動作用，被譽為醫學百科全書。