1933中央博物館成立之初,就明確提出成立宗旨是:“促進科學研究,輔助公眾教育,適當陳列展覽,增進知識。”新中國成立後,在蔡元培、、等先賢和曾的領導下,南京博物院在收藏、陳列、考古發掘、科學研究和出版等方面取得了顯著成就。從20世紀30年代中期開始,南京博物院或獨立或與中央研究院合作,對四川、雲南蒼洱、貴州、雲南麗江、甘肅敦煌、新疆等地的民族、民俗、職業、民間藝術和手工藝進行了調查、發掘和研究,並對四川彭山漢墓進行了科學發掘,收集和整理了大量實物,發表了《雲南蒼洱考古報告》。
新中國成立後,南京博物院的考古工作卓有成效。50年代初,他主持或參與了福建、浙江、安徽、山東等地的壹些遺址和墓葬的發掘工作,如山東沂南漢墓、福建閩侯壇石山遺址等。1954以來,江蘇省開展考古調查發掘,發現發掘青蓮崗文化、良渚文化、湖熟文化等遺址500余處,清理發掘古墓1200余座,出土文物10萬余件,豐富了南京博物院的館藏。除上述民族民間文物和考古發掘外,南京博物院還有各種歷史文物、書畫拓片、文獻、外國文物等。代表性藏品有:清宮瓷器,殷墟出土文物,赫哲族、彜族、納西族、傣族等民族文物,東海大賢莊舊石器,吳縣、武進新石器時代玉器,儀征、丹徒西周、春秋青銅器,漢代坑、墓出土的金獸、銅壺、“廣陵”金印、銀雕玉衣、木器等。書畫收藏有宋代趙霽、嚴慈平、元四家、明思家、清代六家、金陵八家、揚州八怪、近代徐悲鴻、傅抱石、陳之佛等代表作品。宋元以來朱、朱運明、、黃道周的手跡;此外還有各種拓片,如宋拓“易”字、王羲之十七拓片、孔廟拓片等。