王先謙講學嶽麓書院期間，正是晚清改革思潮興起，書院改革呼聲越來越高的時期。作為嶽麓書院的最後壹任掌門人，王先謙在改革書院教育制度和課程設置方面做出了壹定的貢獻，但也阻礙了改革思想和西學的傳播。反對空談，提倡實學的王先謙曾指出:“中國學者病得很重，他們是空的。理學若興盛，必傾向王陸而非朱成，與朱成務實；漢學興盛，則輕漢尊宋，患漢學。新學繁盛，而排斥西學，保留中道，尤其是西學。”他進壹步指出，“日本的改革，從制造業開始；中國的創新，從討論到。做的事在名，策劃的事在利，說的話遍天下。不循之，仍是空，無用也。”他本人進入科舉，多次擔任考官，遵循八股取士制度，熱愛八股，但不主張學生埋頭八股。1898年，他寫了《論科舉》，認為八股文已經“殘破崩潰，其體已不能自立”，他主張廢除八股文考試，讓讀書人“增強精神，提高日常體力，多讀有用的書”。甚至在西方太後下令廢除新政，恢復舊制度的時候，他還堅持八股是“肉體破解”的，“章句用之，庸人因此而不理書，耗才”。他鼓勵學生不要被名聲所累，而要更加註重實際學習，多讀有用的書。由於他的指導，嶽麓書院的學生和徒弟中湧現出壹大批在古籍整理、註釋和研究方面卓有成效的國學大師。王先謙註重考證，但他並不把學生局限於舊論文，而是主張學以致用。他本人非常憂國，鼓勵學生以救國為己任。甲午戰爭後，他在給學生的手記中列舉了中國面臨的民族危機，指出:“如果妳是壹個讀書人，如果妳不掙紮著讓自己振作起來，多讀壹些有用的書，取長補短，存之為國器，留之則笑。國家無從談起；地方迂腐，沒辦法教孩子。”他認為:“學者讀書是為了實用。最近文人常被拘禁，封閉起來，難得關註時事。”他認為《上海時報》是目前必讀的書。為了讓學生“拓寬知識面”，激發誌向，他特意讓學院訂了六冊《泰晤士報》，“每兩天讀壹冊”，“隨時派人分發”，讓學生“讀抄本或讀大意”。由此可見他在啟發學生“務實”、“關註時事”方面的苦心。
為了學以致用，王先謙主張改革書院課程。他認為:“中國的風氣不開放，人才不明顯。所以要重視外人對聲光起電的學習。”因此，他主張大學課程“應包括歷史、地理、數學和圖畫，以及中西經典”。各個國家的語言也是可以使用的。在時事學派的推動下，王先謙也在嶽麓書院進行了壹些課程改革。當時湖南著名的維新派人物皮在《九月日記》中記載，1897:“嶽麓師範班已改，不壹定用現在的語言，改教經、史、數。" 11月日記中記載:"嶽麓書院改章後，不建二宅，仿西學教算術、方言。"包廂第41號還報道嶽麓書院"分經義治，提倡新學"，"增設數學、譯學"。這些都為古老的千年書院註入了新鮮空氣，也為日後書院轉型為學校奠定了基礎。在反對新學的改革運動中，王先謙從壹開始就不是反對者，甚至是湖南新政的積極參與者。他積極投資興辦近代工礦企業，也參與了南院的活動。同時，他也是時事學派的創始人之壹。何、蔣德狗、熊希齡等人發起“增設時事學堂”的建議，並親自建議聘請梁啟超為湖南總語文老師。在熊希齡被任命為時事學院院長後，王先謙也發來了壹封支持信，並表示:“我無意置身事外。如果需要先謙虛，隨時可以表現出來。"
然而，王先謙畢竟是壹個地主階級知識分子。當新學思潮危及封建專制統治時，他毫不猶豫地站出來反對新學。他認為師生們關於“民權”和“議會”的言論是“叛逆之言”，“其誌在謀反”，於是起草了《沈湘公程》，並附上魯玉娥大學士賓鳳陽的壹封信，要求整頓學校，提交總督衙門，攻擊時務派師生，要求時務派“嚴加整頓，拒絕異學之徒”。同時支持長沙三院締結《湖南學約》，阻止學生參加維新運動。當政治學者徐仁柱要追查那些造謠中傷時務派的人時，王先謙多方包庇開脫，並以退學相威脅。進行教育改革雖然王先謙反對民權學說和政治改革，但他並不反對教育改革。1898年政變後，他有意恢復八股制度，繼續主張興辦學校。1901年，他上書湖南巡撫於連三，論述創辦技工學校對於振興實業的重要性，並贈送了他起草的《技工學校章程》第***12條，提出了職業教育與生產勞動相結合的思想，對湖南近代職業技術教育的興起產生了壹定的影響。1903年參與創辦湖南最早的師範學校——湖南師範學校，並擔任首任館長。該館開設倫理學、經學、數學、中外歷史、中外地理、文學、物理化學、英語、繪畫、體操等課程10余門。當時沒有統壹的教材。王先謙建議，在國外學習的中國學生應該在白天整理講課筆記，並在晚上翻譯成中文寄回。政府將把學校作為教材印刷發行或在當地報紙和雜誌上發表。留學生的翻譯報酬由省財政專項支出。這個建議被傅所采納，對解決教材問題起到了壹定的作用。
王先謙在嶽麓書院講學到1903。這時，資產階級民主革命蓬勃發展。王先謙不再來博物館，因為“人民的動蕩”，“異端繁榮的朋友，和革命的談話充滿了方式”。同年，嶽麓書院改為湖南高等教育學院。
嶽麓書院改為學校後，王先謙在家寫作。但他還是重視教育。此前，他認為中國的小學教育不發達。他曾指出，日本的小學是“人人必進”，而在中國，由於小學不發達，很多人不經過小學直接考上中學和高等院校，造成“中學和高等院校水平沒有差別”。鑒於這種情況，他主張大力發展初等教育，尤其是為窮人辦的小學。光緒末年，他給湖南秀才吳子修寫信，向總督遞交了壹份關於興辦簡易小學計劃的文稿。他以為各省有很多官辦和民辦的學校，但是窮的小學就不考慮了。這是“大事化小，似乎不符合國粹”。所以他主張為窮人辦小學，讓所有適齡兒童都能方便入學。“按規矩畢業五年，妳懂得學習，懂得計算，對文字和意義都有很好的理解。”他還以個人名義將自己擔任多年的省校辦發言人的全部馬夫錢***12250捐出，在長沙創辦了18簡易小學，為長沙初等教育的發展做出了巨大貢獻。
在他的教育生涯中，王先謙將教學與學術研究緊密結合，取得了豐碩的學術成果。被稱為“晚清全面研究經學史子集的壹代宗師”。同時，他還註重了解國外的情況，被稱為“極其罕見的通過博覽群書走向世界的樸學大師”。他不僅是嶽麓書院最後壹位山中領袖，而且以其豐富的研究成果為嶽麓書院留下了壹座巨大的學術豐碑。