我們可以在希臘化亞歷山大的實踐和學術活動中找到煉金術的起源。最早的希臘煉金術士可能出現在公元壹世紀，但是我們知道的最古老的煉金術作品是偽德謨克裏特斯·德謨克裏特斯和未知年代的Zosemos的作品。在公元3或4世紀，薛西斯居住在上埃及。還有壹些作品，據說是赫耳墨斯裏赫耳墨斯·特裏梅吉斯托斯(Hermes Trismegistos)的希臘諸神相當於埃及諸神的作品，大概是三世紀的產物。這些著作主要討論柏拉圖和斯多葛派的哲學，但也包含了大量的占星術和煉金術，後來在拉丁文翻譯中成名。
要了解煉金術的起源，就必須了解亞歷山大城的技術狀況和哲學氛圍。在過去的幾個世紀裏，地中海國家出現了壹個行業，用早期的化學方法制造價格昂貴、人們買不起的假冒商品。人造珍珠、可與昂貴的Tyr紫色媲美的廉價染料以及像金和銀這樣的合金都已成為商品。
從很早的時候起，煉金術就與當時的其他思想領域聯系在壹起，尤其是占星術。太陽滋養萬物，在大地上長出黃金。黃金是太陽的形象或原型。銀色的月亮代表銀，金星代表銅，水星代表汞，火星代表鐵，木星代表錫，土星是五顆行星中最遠最冷的，代表最重最暗的金屬鉛。
柏拉圖時代的哲學是完全的壹元唯心主義。它強調物質是感官世界中必要但非本質的元素，物質基本上只有壹種。如果壹切都沒有體現出壹個理想，那它就不是真的存在，所以無所謂好壞；萬物都是有生命的，都在努力完善自己，後來被諾斯替主義引申。煉金術士認為物質本身並不重要，但它的特性是真實存在的。人的肉體都是由同壹種物質構成的，人的善惡並不因變化而變化。
它們是由肉體引起的，而是由靈魂的改變引起的。所以改變金屬的特性就可以改變金屬。他們說工匠們對此深有體會。其實特性就是金屬。所有的金屬都朝著不怕火的黃金理想靈魂努力提升自己。所以，在這條路上幫助他們應該很容易。當時就知道染色用的媒染劑會腐蝕金屬。因此，如果在基本金屬中加入少量的金，這種合金可以用媒染劑蝕刻，留下金色的表面。他們認為，通過這種方式，與酵母具有相同功能的貴金屬克服了合金的劣根性，使其具有了黃金的靈魂。
貴金屬的主要特征是它們的顏色——銀白色和黃金黃色。銅經過化學處理後可以變黃，所以變成了黃金。他們認為有兩種方法可以做到這壹點:第壹，去除廉價的土壤，從而消除生銹的傾向；壹是通過提高其火色或顏色，增加更好的元素氣和火。當死的物質得到壹個有色的靈魂，它就變得有生命，就像人得到壹個靈魂壹樣。
實用煉金術通常要經過四個步驟。1將錫、鉛、銅和鐵融合成黑色合金。在這種合金中，錫、鉛、銅、鐵都失去了個性，融合成柏拉圖所說的第壹物質的“壹體性”。加入汞、砷或銻，使銅變白，類似於銀。然後加入少量金“酵母”，再用硫水，即硫化鈣或媒染劑處理這種白色合金。這樣，合金就呈現出黃色——在亞歷山大的煉金術士看來，它真的變成了黃金。在他們看來，物質的本質不在於它的質量和它特定的物理特性和化學反應。在我們看來，應該是這樣，但是在亞裏士多德所說的那些容易改變的特性中，比如顏色。因此，如果壹種金屬具有黃色、有光澤等黃金的基本特征，就成為黃金。不像後來的壹些煉金術士，亞歷山大的煉金術士既不是傻瓜也不是騙子。他們根據當代最好的哲學進行實驗；錯不在於他們，而在於那種哲學。
煉金術在亞歷山大流行了大約300年，然後就停止了。有人說是羅馬皇帝戴克裏先下令的。公元292年，戴克裏先下令燒毀所有關於煉金術的書籍。後來，煉金術在其他地方復興，先是在阿拉伯人中間，後來在歐洲。然而，到那個時候，煉金術所基於的哲學已經改變了。因此，後來的作家不理解亞歷山大人的術語或他們的精神。他們試圖單方面創造黃金，但他們沒有意識到“黃金”和“變化”這兩個詞的含義在這壹時期已經隨著哲學發生了變化。他們中的大多數人用了很多神秘的詞匯來掩蓋他們的失敗，最後，真正的科學化學開始從他們墮落的煉金術中脫穎而出。
占星術和煉金術有壹個根本的基礎，就是對自然的觀察和理性思維，雖然這種思維大部分是錯誤的；因此，占星術和煉金術在天文學和化學的早期發展中發揮了真實而崇高的作用。另壹方面，除了在原始人中間，巫術從來就不是高尚的，只是在心理上影響了人們對眼前不負責任的權力的輕信和迫切追求。巫術與科學的起源無關，但它的精神肯定是與科學精神相悖的，因為科學總是緩慢、謹慎、謙遜地追求真理。希臘化時代，巫術迷信發展，古代科學衰落。後來，科學復興了，不是因為人們相信巫術，而是因為人們對巫書的信仰阻擋不了科學的前進。