首先，官方教育逐漸有名無實。雖然形式上依然存在，但在各級各類學校中，除了初等教育和部分私立學校外，其他學校尤其是官學已經名存實亡，甚至很少從事教學活動。
其次，教育內容不實用。學校教育的重點是八股文的寫作和科舉考試，而忽略了實用有用知識的教授。同時，由於科舉制度的腐敗，考試中經常出現跑題、怪題，導致學生的知識得不到充分的展示。
再加上清朝頑固守舊，推行文字獄，對學生和知識分子實行高壓政策，導致了封建專制的桎梏。這使得清朝的教育制度與前期相比並沒有實質性的改變，反而加深了教育的困境。
總的來說，這些困難反映了當時政治經濟的腐敗和衰弱。