(1)多軸數控編程比較抽象，難以操作。
這是每個傳統數控程序員都很頭疼的問題。3軸機床只有直線坐標軸，5軸數控機床有多種結構形式；相同的NC代碼在不同的3軸數控機床上可以獲得相同的加工效果，但某壹臺5軸機床的NC代碼不能適用於所有類型的5軸機床。數控編程除了直線運動外，還要協調旋轉運動的相關計算，如旋轉角度和行程檢查、非線性誤差檢查、刀具旋轉運動計算等。，它處理大量的信息，非常抽象。多軸數控加工的操作與編程技巧密切相關。如果用戶給機床增加特殊功能，編程和操作會更加復雜。程序員和操作人員只有通過反復實踐，才能掌握必要的知識和技能。缺乏有經驗的編程人員和操作人員是多軸數控加工技術普及的壹大障礙。
(2)刀具半徑補償困難。
在5軸數控程序中，刀具長度補償功能仍然有效，但刀具半徑補償無效。使用圓柱銑刀進行接觸成形銑削時，需要針對不同直徑的刀具編制不同的程序。目前流行的數控系統無法完成刀具半徑補償，因為ISO文件沒有提供足夠的數據來重新計算刀具位置。在數控加工過程中，用戶需要經常更換刀具或調整刀具的精確尺寸。按照正常的加工程序，刀具軌跡要送回CAM系統重新計算，導致整個加工過程效率低下。這個問題的最終解決依賴於新壹代的CNC控制系統，它能識別工件模型文件(如STEP等。)或通用格式的CAD系統文件。
(3)購買機床需要大量投資。
多軸數控機床和3軸數控機床價格差距很大。多軸數控加工除了機床本身的投入外，還必須對CAD/CAM系統軟件和後置處理器進行升級，以滿足多軸數控加工的要求，並對標定程序進行升級，以模擬整個機床。