但是，慈禧太後陵墓的富麗堂皇，陪葬品的奢華，並不代表她死後就能過上好日子。由於慈禧太後死後陵墓豪華，許多盜墓賊被她吸引。慈禧太後葬於地宮後不到二十年，也就是1928年，軍閥孫殿英率軍挖開慈禧太後的墓，毀棺棄屍，將墓中埋藏的珍寶全部洗劫壹空。
當時盜墓賊發現慈禧頭上有壹片翠綠色的荷葉，腳上有壹朵粉紅色的碧璽蓮花。最讓盜墓賊興奮的是慈禧太後隨身攜帶的珍珠鳳冠，上面有壹顆雞蛋那麽大的珍珠，價值1200多萬兩白銀。
這些士兵對慈禧的屍體做了什麽也無從考證。但據溥儀派去重新安葬慈禧太後遺體的人回憶，當他們看到慈禧太後的遺體時，發現他的下頜骨已經被撬開，也就是毀容了。當時慈禧滿頭白發，只穿了壹條內褲，然後躺在棺材上，被盜墓的士兵“侮辱”。就這樣，慈禧原本價值連城的藏寶，現在，只剩下被子和衣服，這也是對她生前奢華生活的回報！
相傳當時慈禧口中有壹顆夜明珠，是世間罕見之物。兵士去挖，夜明珠卻又掉進了慈禧的喉嚨裏。士兵們壹急，用匕首割斷了慈禧的脖子，然後取出了夜明珠。當時慈禧太後穿的衣服都是華貴昂貴的料子，被士兵撕掉，只剩下壹件內衣遮羞，然後把剩下的衣服扔在棺材不遠處的地上，導致慈禧“受辱”。
當孫殿英盜竊慈禧太後清陵的故事傳開後，溥儀向國民政府蔣介石告發了孫殿英，並派載澤和寶熙去清理清陵。孫殿英知道這壹切後，就開始用錢幫助蔣介石身邊能說話的人，給他們壹些禮物，為自己建立人脈。據傳說，慈禧口中的珍珠是送給宋美齡的。蔣介石接受的是乾隆墓中的九龍劍。
後來慈禧太後的墓第二次被打開，被盜了壹個多月。當時，溥儀派載澤等8名清朝元老重入慈禧。據說當時慈禧太後的棺木全部被毀，內棺還完好無損。當幾個人把內棺擦拭幹凈，再用黃緞包裹慈禧的遺體，放回棺中，蓋上象征皇族顯赫地位的黃色蠶絲被，算是重葬。
慈禧太後的陵墓於1984年第三次被打開。1979年，清朝東陵被打開，專家重新打開了慈禧太後的陵墓。據說他們看到的和溥儀第二次派人安葬慈禧太後後記錄的差不多。所以慈禧陵墓很可能只被盜過壹次。