司馬遷的祖上幾代都是史家，他的父親司馬談是漢朝的官員。司馬遷38歲時(即父親去世三年後)，在丞相的推薦下繼父。司馬遷四十二歲時，漢武帝下令實行太初歷，他開始寫史書。司馬遷在動筆之前，除了掌握大量的文獻資料外，還對要記載的歷史事件進行了實地考證。
司馬遷夜以繼日地工作，幾年後，他寫了壹些《史記》的手稿。司馬遷將手稿獻給漢武帝。武帝壹開始很高興，但是翻過來壹看，眉頭壹皺，然後勃然大怒。原來司馬遷在手稿中毫不猶豫地記錄了漢武帝的錯誤。漢武帝最寵愛的妃子逸飛，曾經想讓司馬遷為她寫壹首詩。她討厭司馬遷，因為她的拒絕。這時候她趁機造謠:“聽說司馬遷以自己的才華為榮，把自己比作聖人，根本不在乎陛下。”漢武帝聽了，更加生氣。他立即召集文武大臣譴責司馬遷。漢武帝把《史記》手稿交給大臣們傳閱，大家都不敢說話。只有壹個大臣在逸飛的唆使下，敦促武帝嚴懲司馬遷。老丞相跪下來為司馬遷求情，禦史大夫也站在丞相壹邊。無奈之下，漢武帝讓司馬遷修改史記。
司馬遷得知自己修改史記極其痛苦，悲痛欲絕，想要辭職，並說:“我不想活在世上，但我要清白！”然而此時，他想起了父親靈前的誓言:“我們壹定要完成老人寫歷史的遺願！”"於是，他決定修改手稿，想出了壹個聰明的辦法:把漢武帝的錯誤分散在許多章節裏，這樣就不容易被發現了。
不久，漢軍北伐匈奴回國，漢武帝下令司馬遷在史書上記載此事。司馬遷本來想為衛青立傳，但是經過考察發現李廣所向披靡，功勛卓著，卻忍氣吞聲，死了，於是決定也為李廣立傳。有人好心提醒司馬遷:“妳這樣做，恐怕又要帶來災難了。”司馬遷壹笑置之，根本不同意。因為他寫的是真的，他對得起自己的良心。
司馬遷正在寫李廣的傳記，這時壹個朋友來看他，於是他拿起壹些他剛剛寫好的手稿。朋友發現，司馬遷寫的是李廣打退敵人、脫險、打老虎等。，而且他寫得繪聲繪色，字裏行間透露著他對李廣的贊美和欽佩；但後來寫李光心胸不寬廣，公報私仇。於是，有朋友問司馬遷:“妳以後這樣寫李廣，不會有損他的形象嗎？”司馬遷說:“我寫歷史，真實是第壹位的。”不能以個人好惡來掩蓋真相。”朋友們點頭稱是，從此對司馬遷佩服得五體投地。
李廣的傳記寫得很漂亮，漢武帝看了很滿意。但壹飛卻無事生非，指責史稿藐視朝廷。她說:“李廣那麽勇猛善戰，卻沒有贏得爵位，只讓他在戰場上起輔助作用。這不是批評法院用人不當嗎？另外，他自殺了。那不是說朝廷逼死了鐘良嗎？”漢武帝頓時明白了，可是話壹說出口，就收不回來了，只好忍著。
不久，朝廷得到消息，本朝大臣李陵戰敗被俘後投靠匈奴。漢武帝壹氣之下，下令殺光醴陵九族。壹名軍事指揮官冒著生命危險懇求寬恕。漢武帝大怒，斬之。所以，沒人敢替李陵說話。漢武帝還命司馬遷將此事寫進史書，以警示後人。司馬遷四處尋找，得知李陵家世代忠君報國。李陵向匈奴投降只是為了救他士兵的命。司馬遷再次找到李陵的老參謀，得到了第壹手資料。於是，他心裏有了底，毅然決定寫出真相，絕不讓忠誠的人受委屈。
在他的朋友中，有人知道這件事，然後提醒他壹定要三思而後行，千萬不要發火，否則可能會被打死。但司馬遷並沒有改變初衷。他大義凜然地說:“我父親在世，教導我歷史要以事實為依據，這壹點我很清楚。所以，我怎麽能不服從我的父親和紀律我的良心，阻止真相被揭露給世界？”
漢武帝看了司馬遷的手稿，頓時臉色陰沈，當即下令將司馬遷投入大牢，視為死罪。老丞相得知司馬遷被捕，立即向漢武帝謝罪，要求司馬遷分擔罪責。漢武帝無奈，同意司馬遷可以用金錢或宮刑代替死刑。老丞相把這個好消息告訴了司馬遷，司馬遷卻苦笑著說:“錢——我家被圍墻圍著，沒錢賠罪。閹割——士可殺不可辱。我不能接受！沒有辦法，我等著被處決。”
這天晚上，司馬遷久久不能入睡。天亮了，他迷迷糊糊睡著了，他做了壹個關於父親的夢，父親語重心長地說:“忍辱負重，我們這壹代人寫歷史，只為傳真給後人。”妳這樣壹走了之，誰也擔不起歷史的重任。雖然我們家沒錢，但是妳可以忍受閹割！孩子，聽我的，忍辱負重寫史書！”司馬遷聽了父親的話後醒悟過來，陷入了沈思...最後，司馬遷決定接受宮刑。
懲罰過後。從此，司馬遷忍辱負重，憤然下筆，終於完成了不朽的歷史巨著——《史記》。司馬遷也因為《史記》這本書，被後佛稱為“史謙”、“太史公”。