太醫院，成立於順治元年(1644)，清十朝以後壹直主管宮廷醫療事務。剛設立時，任命壹名院務官，壹人分撥左右院，負責院務。
後來到了乾隆五十八年(1793)，又任命王為院務總管。下屬官員的數量由朝廷授予，歷代都有所增加。到光緒時，有13名神醫，26名官員，20名博士，30名博士。
官階的等級原本是這樣的:院造五正品，院判六正品，醫師造七正品，八九品十三官。宣彤元年(1909)，時任書院使臣的張仲元邀其按以下順序排列官品:書院制四品，書院審五品，醫師制六品，官品改為七品，九品改為八品。
除了滿清官員，管理部長，所有的官員都是中國人。為保持醫官素質在較高水平，太極醫院規定，如有空缺，除醫院由左院授予，左院由右院授予，右院由醫師授予外，其余大夫、辦事員、醫生均經考核後逐級晉升。對於初入醫院的醫生，必須精通醫理，無罪惡感，並由同鄉北京官員簽字，報醫院審查。然後，保證我院的醫生和醫官接受院方的面試，讓那些認為可以做藥的人在院內學習，等待檢驗。博士空缺時，會通過考試來補充。泰醫院有教學大廳，選派學習成績優秀的醫生、官員授課，送剛進醫院的醫生、醫官子女學習。
同治六年(1867)，設立醫館，每年春秋兩季考醫、醫、生，根據成績列出等級，準備點名晉升。每六年會同禮部舉行壹次大考。所有官員級別以下的人員都必須參加。每個人的科目，如文、理、醫等，會由學院官評定，列出成績，咨詢官禮二部登記備案。
醫官如因重病不能工作，經醫院官檢查後可免，痊愈後仍補原不足。如果發現有人推脫借口在外行醫，將嚴厲討論。
起初，帝國醫院的醫療部門分為11個部門:大脈，小脈，傷寒，婦女，瘡，針灸，眼科，口腔科，喉科，正骨和痤瘡。咽喉合並到口腔和牙齒後，痘疹合並到小方脈，成了九家。光緒年間，傷寒、婦女並入大房脈，潰瘍改為外科，針灸正骨暫停，成為大房脈、小房脈、外科、眼科、關節五大分支。醫院所有的醫官平時學習都要專攻壹科。