人類在廈門島上生活，可以追溯到三四千年前的新石器時代晚期。有文字記載的歷史始於唐朝中期，距今已有1140多年。唐朝天寶年間，漢族薛、陳從閩東福安、閩南漳州移民到本島，分別在鴻基山南北雜居，出現“新城”地名，改稱“李家赫”，隸屬清苑縣南安縣大同場。五代乾隆元年(939)，大同場升格為同安縣，嘉禾裏歸同安縣管轄。明初洪武二十七年(394年)，朝廷在島上修築了城墻，並設置了駐軍。這座城市的名字是“廈門”，駐軍稱之為“毛巾左所”。廈門的地名從此確立。此後數百年間，廈門先後改稱“思明府”、“思明縣”。1935廈門正式成立。
廈門流傳著壹個古老的傳說:很久以前，這個島上只有黑色的石頭和綠色的樹林。壹群白鷺飛到這裏，愛上了這個黑綠相間的小島。它們棲息在樹林裏，漫步在沙灘上，在海裏玩耍。這裏沒有其他鳥獸，也沒有人來打擾。於是白鷺成了小島的主人。人們最初來到島上，看到水面上漂浮著大量的白鷺，就把這個地方叫做“鷺江”，把這個島叫做“鷺島”。這個島從什麽時候開始有人居住的？考古學家在這裏發現了壹些石器和陶器，並相信大約3000年前就有人居住在這個島上。不過這個島有記載的歷史，不過是從唐朝才開始的。如果去著名的古剎——南普陀，可以看到大雄寶殿石柱上的壹副對聯:上溯唐朝，與開元同古；普光被帶到廈門島，為吳泰增光添彩。這說明南普陀和泉州的開元寺壹樣，最初是在唐代修建的。據記載，在唐代，薛和陳兩個家族從其他地方移居到這個島上。薛住在洪積山的西北方，陳住在南面的金榜山腳下。在當時，它被稱為“薛在陳蓓”。南普陀原是陳家以52畝農田為廟址修建的。五代時重修，名泗州寺。宋代，和尚崔雯建造了趙普寺。這些寺廟就是南普陀的前身。
廈門人民的勞動祖先在這裏辛勤耕耘。宋朝太平、興國年間(距今約1000年)，生產出“壹莖數穗”的優良品種水稻。從此，這個無名小島就被稱為“嘉禾島”——壹個五谷豐登的小島。這是廈門的第壹名。元代在此設立嘉禾前湖驛站，是廈門歷史上第壹個軍事機構。所謂“千戶”，就是“千人之長。”元朝千家萬戶，分上中下三等，上層士兵700余人，中層500人，下層300人。可見此島在海防中的重要地位，已引起元當局的重視。自明朝以來，日本海盜不斷入侵中國沿海省份。為了加強海防，明太祖朱元璋派蔣周德興到福建沿海地區增設許多衛生所。閩南永寧圍分為左、右、中、前、後五站。中左第二站位於這個島上，所以叫中左站。《明史》中寫道:“(周)德興到福建，按民族訓練後，共訓練民兵十余萬人，彼此至關重要。他們建了16座城，設了45個巡司，備有防海之策。”當時，“動永寧衛中佐所官軍於廈門，築城死守防禦，然後是中佐所千戶。設都督為千戶，副千戶，都督為百戶兼鎮官，福建諸都督，兵壹千二百四十人。”大約在洪武二十七年(1394)，建廈門城，從此出現了廈門這個名字。