1.配伍禁忌:在復方配伍中，應避免使用某些藥物。神農本草經把這些藥物之間的關系稱為“互邪”和“對立”。據《舒本草》統計，《本經》有60種藥物，反之有18種。歷代對配伍禁忌的認識和發展，在古籍中是不壹致的。金元時期總結為“十八惡”“十九畏”，並編成歌曲。現在歌曲的內容列舉如下。
(1)十八矛盾:本草明言十八反，藻、戟、蠍皆反草，壹半攻吳，參與者皆反藜蘆。
(2)十九畏:硫磺為火之精，見之必競；水銀比砷好；狼毒最怕藏僧；巴豆最強，不適合矮牽牛；丁香莫遇玉瑾；牙硝難與北京三棱結合；川烏、草烏不適合犀牛；人參最怕五靈脂；關桂山會調空調，但是遇到石油脂就會欺負別人。
但“十九畏”的概念與《神農本草經》序中“七情”之壹的“相畏”有著不同的含義。
“十九畏”“十八反”的壹些藥物與實際應用有些出入，歷代醫家也有所論及，引用古方為證，證明有些藥物仍可合用。如甘遂半夏湯，與甘草、甘遂同用；；十香還魂丸將丁香和姜黃壹起使用。大活螺吳丹和犀牛角壹起使用。由於“十九怕”和“十八矛盾”需要進壹步研究，目前應該采取謹慎的態度。壹般來說，對於這類藥物中的壹部分，如果沒有足夠的基礎和應用經驗，還是要避免盲目合作。
2.妊娠用藥禁忌癥:有些藥物有損傷胎兒、引起流產的副作用，應作為妊娠禁忌癥。根據藥物對胎兒的損害程度，壹般可分為禁用和慎用兩類。禁用藥物多為毒性較強或藥性較強的藥物，如巴豆、牽牛花、大戟、斑蝥、商陸、麝香、三棱、莪術、水蛭、虻蟲等。慎用包括通絡祛瘀、行氣破滯、辛熱等藥物，如桃仁、紅花、大黃、枳實、附子、幹姜、肉桂等。不得使用所有違禁藥物；慎用藥物可根據孕婦病情使用。但在沒有特殊需要的情況下，應該盡量避免，以防意外。
3.服藥時的飲食禁忌:飲食禁忌簡稱食物禁忌，也就是通常所說的禁忌。古代文獻中，常有山忌蔥；地黃、何首烏忌蔥、蒜、蘿蔔，薄荷忌甲魚肉；茯苓忌醋；鱉甲忌莧菜紅:及蜂蜜變洋蔥等記載。這說明某些食物不能和某些藥物壹起吃。此外，由於該病，在用藥期間應根據需要避免壹切不易消化、有特殊刺激性的食物，如寒、粘、腥等。高燒患者也要忌油。