辦公室:負責全館的財務、人事、文書行政管理和業務統計，以及全館的設備管理，協助管理領導做好宣傳和安全工作。地點:這個博物館的壹樓和二樓。
采購和編目部
負責全館中文圖書文獻的征訂、采訪、收藏等館藏建設，組織館藏文獻的分類編目。地點:博物館壹樓
讀者咨詢服務部
負責辦理圖書館借閱和文獻復印，接受、處理和反饋讀者咨詢，提供學科服務。地點:博物館壹樓
技術部
負責圖書館計算機管理系統的日常維護，自治區圖書館網站的建設和管理，圖書館的現代化設備和技術支持。地點:博物館二樓
中國經銷部
負責中文普通圖書的借閱，開展個人借閱、集體借閱等項目，負責普通圖書的修復和保管。地點:博物館二樓
中國報刊部
負責中文報刊的訂購、加工、整理、保存及相關二次文獻的編纂，滿足讀者對中文報刊的查閱和咨詢需求。地點:博物館壹樓
民間文學系
負責新疆少數民族文字圖書、報刊的編輯加工、保存、借閱和組織讀者活動，開展參考咨詢。地點:博物館三樓
古籍部
負責古籍的收集、加工、整理和保護，為讀者提供咨詢等相關文獻服務。地點:書庫五樓
地方文獻特藏部
負責新疆地方文獻的收集、整理、開發、利用和保護。此外，它還承擔不同語言的參考書和藝術書籍的加工、整理和閱讀咨詢。地點:博物館三樓的孩子們
博物館負責
借閱兒童圖書、報刊，組織“童書銀行工程”等各種有益於青少年的閱讀學習活動。地點:博物館四樓
研究指導部
承擔圖書館學研究、圖書館之間的合作與協調、社會教育與管理、圖書館學專業期刊的編輯與發行。地點:博物館二樓到三樓的夾層房間
文電幹校少數民族分院
為少數民族地區群眾提供報紙、期刊和圖書借閱服務，開展讀者咨詢活動。
地點:烏魯木齊市團結路72號，文化藝術電影幹部學校內。