朱丹溪壹生寫了很多作品，他的很多弟子也是被安排的。據有關文獻記載，朱丹溪撰寫的醫學著作有20多種。但由於年代久遠，部分作品已經失傳。現存的著作也很龐雜，有的是朱丹溪自己寫的，有的是他的弟子們編的，有的是化名。
第壹，學術特色
(壹)陽盛陰衰理論
從哲學的角度來看，“陽常盈，陰常不足”的觀點，源於北宋的程顥、程頤。其雲曰:“天地陰陽之運動，充滿起伏，無喘息之機。陽總滿，陰總虧。壹盈壹虧，參差不齊，萬物皆變。”受此觀點影響，朱丹溪將其引入醫學，提出了“陽有余陰不足”的理論。上面說:“人以天地之氣為生，天之陽為氣，地之陰為血。”所以“氣常盈，血常不足。”還明確了大部分疾病是由“陽盛陰衰”引起的，主張用“滋陰降火”來治療。朱丹溪對陰陽盛衰的基本認識是陽多於陰的學說，朱丹溪醫學思想的許多內容都是這壹觀點的具體體現。
(二)相火理論
朱丹溪的“相火”說是受宋代周敦頤太極圖理論的啟發，結合《內經》的“少火”和“大火”理論，在吸收李東垣的陽火學說和探討劉和堅的火熱學說的基礎上提出的，總結了人體生命活動及其病變的規律。
(3)“氣滯血瘀”理論
朱丹溪以治療雜病而聞名。朱丹溪的弟子方廣日說:“希望能是普法，比如張長沙的外感病，的內傷，劉和堅的熱證，的雜病。”《王銘論》將自己對雜病的心理治療歸納為“氣血凝滯”四個方面。朱丹溪認為，所有的雜病不外乎氣血痰郁。治療上，以氣血痰郁為綱，以六氣致病為目的，做到標本兼治。所用方藥為益氣四君子湯、補血四物湯、化痰二陳湯、解郁越鞠丸，按證加減。朱丹溪對雜病辨證論治的影響，在某種程度上遠遠超過了滋陰理論，在中醫學術發展中也占有非常重要的地位。
健康理論
朱丹溪不僅是壹位治療內傷雜病的大師，也是壹位卓有成就的保健學家。他的養陰、居家、照顧他人等獨特的養生思想在養生領域也有相當的影響力。比如朱丹溪提出:“與其病後求醫，不如病前不調養...病前先治，才能明白取人性命的道理。”這說明他非常重視保健。養生理論中，基本原則是滋陰潛陽，除欲控靜。朱丹溪的“陽盛陰衰論”強調，正常情況下，人體容易陽亢陰衰。這壹理論的目的是教導人們重視陰精的護理，使陰平陽秘，從而達到身體健康，安度晚年的目的。朱丹溪的養生理論是其陽盛陰衰理論在養生中的具體應用。理學“存天理，滅人欲”的思想影響了醫學，這是朱丹溪第壹次倡導這種風氣。因此，他提出了養生要“靜”的原則，把養陰抑陽作為整個生命過程以養生為主要原則。《格致玉論》中的許多篇章，如《飲食序》、《色欲》、《乳丹論》、《宅內補》、《養老》、《養幼》等，都論述了養陰與調養生活的密切關系，並諄諄告誡人們要善於滋養殷琦，時刻保護人的陰精。
(5)批評局方的弊端。
從晉南北朝到隋唐，醫學發展的總體特征是積累了豐富的醫療實踐經驗，其標誌是大量方劑的出現。如唐代的方、外太，宋代的太平和《聖濟總錄》均收萬元以上，是當時的方劑學收藏，也是歷代實踐經驗的總結和積累。這些名方，經過反復檢驗，確實是有效的，並且是由官方醫療機構以標準處方的形式頒布的，所以具有很大的權威性和壹定的實踐依據。如北宋正式成立的“太平惠民局”和“和記局”，經過壹段時間對眾多方劑的篩選鑒定，使其違背契約，精選臨床有效的方劑匯編成書，以官方醫療機構標準方劑的形式頒布。在當時，無論是公民還是醫生，在患病的情況下，這本書經常被用作起訴的證據。這些名方的流行雖然為醫生提供了重要的參考，但也因其權威性和便捷性而流行了壹段時間，對醫學的發展起到了積極的作用。但當時部分醫生墨守成規，對臨床診療規律缺乏深刻的理論理解，導致當時“方菊”濫用，處方多，藥物多，臨床無所適從。此外，“方菊”的藥方偏於溫燥，是朝廷制定下發的，因而流傳甚廣，濫用後出現了溫燥傷陰、陰虛陽亢的癥狀。