寺初建於唐中和年間（881—884）。據明萬歷《湖州府誌》載：“唐中和間，如訥禪師辭師出行，師命之曰：‘逢道即止’。訥經此山，詢其名，父老曰：‘道場山，故多虎’。訥策筇直上，坐盤石，虎伏其側，三宿無傷，結庵居之，名其處曰‘伏虎巖’。”“後起廊廡、佛殿、塑千羅漢於中。”道場山護聖萬壽禪寺始建。這段記載，最早見於宋嘉泰《吳興誌》。它夾雜了神話傳說，但不能排斥當年道場山山高林密，時有虎豹出沒。清同治《湖州府誌》記載擯棄了神話傳說內容：“昔（如）訥和尚辭師出巡禮，師曰：‘逢道即止’。訥經此山，遂留。後建寺，山頂有塔，下有笑月亭、愛山亭。其陽有伏虎巖（如訥遺跡），有瑤席池，有仰高、宜晚、望湖三亭，其下有歸雲等庵，頗幽勝。”且不管這些記載裏神話傳說的部分，萬壽寺最早為僧人勸募所建，則是可以肯定的。五代吳越時錢王鏐題額為“吳興正真禪院”。宋元豐三年（1080）知州事陳侗奏改賜“護聖萬壽禪寺”。宋嘉泰間（1201—1204）曾改“妙覺寺”。南宋寧宗（1195—1224）禦定全國禪寺最高等級為“五山十剎”，萬壽禪寺名列十剎第二。日本有不少僧人慕名而來。淳祐九年（1249），法燈圓明師心地覺新來華，到萬壽寺向荊叟、如玨求法，六年後歸國，後成為日本伊紀由良鷲峰興國寺的開山祖師，並接受龜山、後宇兩代天皇的皈依。元大德十壹年（1307），日僧雪村友梅到道場山萬壽禪寺，從叔平隆求法，與雪村同行的還有敬叟簡、佛德大通禪師愚中周等人。元末，萬壽寺毀於兵燹。正印和尚勸募重建。於元至順元年（1330）建成，據清鹹豐《烏程縣誌》載：重建後的萬壽寺，建有“法堂五間、僧堂七間，又作庫樓、香積櫥、青山堂、梅檀林、蒙堂、選僧堂”等，“壯麗有加於昔”（清同治《湖州府誌》），以後又增建了觀音殿，可以想見昔日規模之大。明洪武三年（1370）又重修。 清道光二十六年（1846）或二十七年（1847），萬壽寺發生壹次大火，“江南十剎”之壹的萬壽寺毀於壹旦。光緒三年（1877），慈禧太後下詔重建，命法磬和尚攜帶《龍藏寶經》南下至道場山任方丈。法磬在廢墟上籌建，費時30年，終於“益宏寺宇，敞歡結筵”，道場山再次成為佛教聖地。這段歷史，清光緒三十四年（1908）萬壽寺主詩法磐上人所繪之《湖州道場山圖》及圖上下兩端附有的宣統元年（1909）沈毓麟的題記、烏程勛臣盧廷燮的詩及方鼎明書寫的上人七絕二首記載得頗為詳細。現圖及題記等尚存碑刻拓片。 萬壽寺原有水池三口，壹曰瑤席池，壹曰放生池，壹曰八功德池。三池池水清亮、久旱不枯。其中瑤席池名聲最大，北宋著名文學蘇東坡《遊道場山何山詩》有“屋底清池照瑤席”句，瑤席池即據此詩意命名。誌載“有屋三楹，臨池水上”，即指萬壽寺。池邊竹柏交錯，濃蔭可整日覆蓋水面，前有人“泓波竹香花氣晚”詩句稱之。瑤席池尚存，並已作疏浚整理，但屋舍竹影已非當年景象。放生池水面寬闊，清澈見底，尚存，並已個葺。二池為道場山萬壽寺增色不少。 據明崇禎、清光緒《烏程縣誌》、清同治《湖州府誌》及光緒末年萬壽寺主持法磬所繪《湖州道場山圖》題記，萬壽寺旁原有歸雲庵，唐代詩人閻士和曾隱居在道場山南麓，僧皎然有《懷閻士和詩》，有句雲：“空見歸雲兩三片”，後建庵命名為“歸雲”。明代湖州推官謝綮猘《募修歸雲庵疏》雲：“歸雲庵者，道場之別麓，遊覽之勝區，孫太初（壹元）蔔其旁而築室，鄭繼之題其堂曰‘掛瓢’”。孫壹元歿後，庵漸頹圮，萬歷中募修，清道光中隨萬壽寺壹起毀於火後無修復。 十年動亂中，寺院、佛像、石刻等均被破壞，劫余之500余卷藏經，轉入南潯嘉業藏書樓保存。1984年開始重建，劫余的觀音殿，業已加以整飾，蘇州靈巖山寺贈送的三尊木雕佛像，於1985年3月入寺供奉，1997年，千手觀音塑成。大雄寶殿，也於1996年重建。五代吳越時錢王繆題額為“正真禪院”，宋元豐三年(1080)知州事陳侗奏改題“護聖萬壽禪寺”，宋嘉泰間(1201—1204)改“妙覺寺”，元末毀於兵火。僧正印勸募重建，於元至順元年(1330)建成。重建後的萬壽年，有法堂五間，僧堂七間，又有庫樓、香積廚、青山堂、榭梅櫚林、蒙堂、選僧堂等，後又增建觀音殿。明洪武三年(1370)重修。清道光二十六年(1846)二十七年毀於火，光緒二年僧法磬春詔攜《龍藏寶經》於廢墟上重建，歷時30年，於光緒末年重光。“文化大革命”中，寺院、佛像、石刻等遭毀損，1975年由道場公社拆毀大雄寶殿、用天建造學校等，僅存觀音殿、千佛壁、放生池和瑤席池。