經過多年的春秋，華林寺只有正殿，後來又增加了山門、左右殿和玄關。正殿為單檐九脊提梁框架，高度15.5米，面積574平方米。正殿有18根木柱，全部由鬥拱支撐，沒有壹根鐵釘。其建造方法在中國唐宋木結構建築中獨樹壹幟，對日本鐮倉時代(12年末)的“佛式”、“天絲式”建築風格影響很大。雖然福州多雨潮濕，白蟻泛濫，木質建築難以存活，但華林寺的主要構件仍保存著900多年前的原物。它是中國最古老的江南木構建築寺廟，是研究中國古代建築的珍貴資料。1983被列為全國第二批重點文物保護單位。
華林寺的正殿雖在明清時期多次重修，並增設了周邊回廊的下檐，但其主要構件仍千百年來保持原樣，是中國最古老的江南木構建築。