由於死者身份不明，兇手無處可尋，兩江總督沈葆楨下令營辦洪如奎負責破案。洪如奎奉命安排手下和緝捕委員胡金川對兇手進行調查采訪。幾天後，胡錦川在廟兒山逮捕了邵總、消防隊員張、屠夫曲雪如，說他們是三牌樓殺人案的兇手。胡錦川還帶了壹個叫小耿的瓜子小販，說是親歷者。第九天夜裏，他在三牌樓裏看見死人躺在雪地上，旁邊站著三個人，分別是邵宗、張、瞿雪如。其中壹人還警告小耿不要多管閑事。
洪如奎立即任命候補地方法官嚴昆和胡金川在同壹屋檐下審問嫌疑人。經刑訊逼供，邵總、張、曲雪如交代，他們因貧因富，密謀殺害賣豬的外鄉人，匕首是張的兇器。
看來這起命案已經水落石出，真相大白了。緝捕委員胡金川以極快的速度破案。按照程序，此案最後呈報兩江總督沈葆楨，沈葆楨作出批示:要將“殺人兇手”邵宗、瞿學儒就地處決，斬首示眾。因為張先坦白，才免於壹死，右耳被割去文身，交還原處。
那是光緒四年二月中旬，從發現到結案用了兩個多月。從嫌疑人招供到處罰，只需要幾天時間。
在喧囂的南京，三牌樓命案壹度引起街頭巷尾的議論，並登上《申報》的版面。但是案子結了之後，就慢慢淡忘了。
直到幾年後，光緒七年七月，金陵局抓到壹個叫李大豐的賊，李大豐因立功減刑，供認了幾年前他的堂弟朱標被星期五和沈謀殺的情節。官府隨即將周、沈逮捕審問，他們給出的結果讓辦案官員大吃壹驚:上周五，沈保洪和被害的時間、地點、情節與光緒三年三牌樓殺人案高度相似。
四年前被害的所謂“薛春芳”與本案中的被害人朱彪是同壹人嗎？換句話說，四年前歸案的邵總、曲雪如是冤死？
此時，曲學儒的家人也和好了50多人，到兩江總督署上訪，稱曲學儒死得冤。此時兩江總督已由劉坤儀接任，並任命梁、嚴巡道德守、江寧知府趙等官員審理此案。經過提審，傳喚證人，隔離，四年前的三牌樓血案終於真相大白:原來，朱彪和星期五與沈相識，是因為朱彪勾引了星期五來到這裏的女人劉，並與被沈拐走的妻子趙高通奸。光緒三年十二月初，周、沈怒。第二天發現的死者薛春芳，實際上是朱彪。
四年前，奉命探視兇手的緝捕專員胡錦川急於破案，毫無頭緒，於是指示瓜子販肖耿指證邵總、張、曲雪如為兇手。這三個人無法忍受政府的嚴懲，只好認罪，編造了殺人的情節，胡說八道出了“薛春芳”這個名字。
三個無辜的正義之士莫名其妙被認定為兇手，卻沒有辦法洗清冤屈。這樣的司法機制是多麽可笑！仔細考察就會發現，大清國的司法制度存在致命缺陷:壹是緝捕委員居然可以參與司法審判，是典型的“既當運動員又當裁判”。這壹制度在清代的設計遠不如宋代合理。宋代，緝捕官不得參與偵查。他們的責任只是抓住嫌疑犯。至於嫌疑人是否真的有罪，他們是不允許插手的。
其次，清代司法制度雖然設置了復雜的審查程序，壹件命案先經縣政府審查後，還要經過知府、調查司、巡撫，最後再經中央刑部審查，但實際上審查程序往往只是走個形式。比如三牌樓殺人案，實際上只經過了嚴昆和胡錦川兩級審判，其他負責審查的機構只是在終審報告上署上名字而已。此案上報兩江總督，沈葆楨不審，下令將罪犯就地處決。
再次，即使層層完成審查程序，也不壹定能及時發現民怨，因為清朝沒有專職的司法機關，沒有專業的司法人員。在刑事案件的審查中，總督通常會任命行政官員負責審理，甚至營務處等軍事機構也參與審理。這些非專業的“法官”缺乏司法訓練，難免“葫蘆娃破葫蘆案”。這個還不如宋朝的。在宋代的州壹級，壹般有三個法院:地方法院、州法院和行政法院；在壹些大州，州法院和秘書有左法院和右法院，即五個法院；每個法院配備若幹專業法官，即書記員、書記員、經理和司法人員。
最後，在清朝，死刑犯人的執行需要刑部按正常程序批準。但在清末鎮壓太平軍的過程中，地方督撫獲得了“就地執法”的權力，可以繞過刑部，先行行動。“當場懲治法”有利於地方組織“嚴打”，維護秩序，但也為亂殺大開方便之門。雖然我們不應該對刑罰的審查程序抱有過高的期望，但三牌樓殺人案中的邵總、曲雪如，顯然是死在了“就地執法”的體制中。當時《申報》評論說:“如果交給地方官，問題有了答案，再去執行。離查詢日期只有幾天了。”
好在清朝的司法制度並沒有完全泯滅官員的良心。上周五沈供認殺人真相後，江蘇當地並沒有包庇原審官員，掩蓋真相，拋棄死者的冤屈。兩江總督劉坤壹當即要求將胡錦川暫時革職，繩之以法審問，並致函已升任淮北運鹽使的洪如奎，請他來江寧協助調查。由於劉坤壹認為洪如魁只是被胡錦川欺騙，並沒有故意制造冤獄，所以北京建議彈劾劉坤壹認為“本案中的瞿學儒和少宗和尚之死，是洪如魁行使職權形成的。巡撫言行，可見其欲懲胡錦川，其意以偏概全。”我們知道，清代的諫制度是歷代中最弱的，但諫史的設立，畢竟對行政官員的權力構成了壹定的制衡，也使清朝的行政和司法具有了壹些微弱的自我糾錯功能。
迫於朝野輿論壓力，光緒七年十二月初八，清廷下令刑部尚書薛赴江寧徹查三牌樓殺人案。薛是職業司法人員。他到了江寧後，為了保證自己的獨立性，謝絕了地方官員的接待，閉門查案，調閱案卷，提審罪犯和證人，逐壹洗清嫌疑。最後證實了三牌樓殺人案確系星期五和沈所為，鐵證如山。薛立即回京向我匯報。
次年2月29日，江寧上諭，判星期五、胡錦川作出決定，判沈作出決定。洪如奎、嚴昆被革職流放；沈葆楨因已過世，免其罪；其他責任官員也移交該部。
三牌樓謀殺案現在真的結束了。但不知道冤死的邵總、瞿學儒能不能見諸報端？