壹般來說，水黴菌的治療不需要口服藥物。如果要口服藥物，可以在飼料中適量添加諾氟沙星或氟苯尼考等抗生素，劑量為每公斤飼料0.5-1.0g，療程為3-4天。
水黴病是水產養殖中的常見病，多發生在冬末春初。在20℃以下很普遍，28℃以上很少發生。水黴菌對宿主沒有選擇性，可感染各種養殖魚類，包括魚卵、幼魚和成魚。當魚受傷或被寄生蟲叮咬後，通過黏菌的遊動孢子侵入，從被攻擊的魚組織中吸收營養並迅速生長，最終導致菌絲與傷口組織糾纏粘連，魚組織發炎甚至壞死。由於水黴菌的菌絲不僅寄生在魚體表面，還會侵入魚體肌肉中，因此很難進行外用藥物治療。目前比較有效的控制水黴病的方法主要是壹些預防措施，如在拉網等養殖作業過程中盡可能減少魚的傷害，在下塘前用3-5%的鹽水浴對魚進行消毒，控制養殖密度，防止越冬魚生病越冬，根據魚的攝食情況每隔幾天增加投餵優質飼料或維生素C來改善魚的情況。