九曜園內曲徑回廊，圍欄水榭，壹目了然。園內有壹泓湖水，面積約440平方米，藥洲、九曜石以及書院的碑刻，嵌於園內湖北廊壁之上。
北宋統壹嶺南後，九曜園成為士大夫泛舟觴詠、遊覽避暑勝地，史稱“西湖”。當時，西湖有五代風格的門樓和碑廊。門樓面闊7米、進深4.8米，懸山頂。
在熙寧年間，北宋著名書法家米芾，在九曜園北岸、壹塊高1.5米，狀如持笏的奇石上題刻“藥洲”兩字，並署“米黻元章題”。後來，此石被譽為“米題‘藥州’石”，不久被移至廣東布政使署東院及兩廣總督署內。
1073年。米芾在泛舟西湖時寫下了《九曜石》詩，題刻在九曜園內池東石南面的壹塊巨石之上：
碧海出蜃閣，青空起夏雲。
瑰奇蹲怪石，錯落動乾文。
其中首句“碧海出蜃閣，青空起夏雲”以海市蜃樓和變幻多端的夏雲作比，奇石奇詩，相得益彰。這塊巨石，後來因有人在其石手掌紋旁題刻了“仙掌“兩字，而被譽為“仙掌石”。
繼米芾遊九曜園不久，壹位叫許彥先的北宋書法家也至此遊園。由於興致所至，詩興大發，他在園內北岸靠西，壹塊高兩米，以圓石為頂，若牛頭，而且四旁有十余竇相穿的“海上洲石”題刻賦詩壹首：
花藥氤氳海上舟，水中雲影帶沙流。
直應路與銀潢接，槎客時來犯鬥牛。
到了南宋時，廣州西湖開始出現淤塞。1208年，廣州經略使陳峴對西湖加以了疏淤整治。與此同時，他不僅在西湖上種植了大量白蓮，號稱“白蓮池”，還在湖上建造了壹座愛蓮亭。相傳，陳峴建亭“愛蓮亭”，取北宋學者周敦頤所作《愛蓮說》之意。
明初，廣州西湖的面積仍達數百丈，還存有寶石橋喝黃鸝港等勝跡，更有高大的九曜石傲立湖中。
拂曉之時，城中萬籟俱寂，旭日冉冉升起，東方彩霞滿天，倒映湖中，水天壹色；名石古橋染上壹層金黃。碧波粼粼，漣漪蕩漾。
水面上綠蓮紅荷，堤岸邊垂柳飛絮，更顯天地幽清，寧靜安詳，而成此“春曉”之迷人景色。此景被譽為“藥洲春曉”，為當時羊城八景之壹。
明嘉靖年間，有人在九曜園石堤東側，石形像鰲魚，高3.4米，重約25噸，號稱“九曜第壹石”的石底部題刻了“此即九曜第壹石也”。在這座石頭之上，後來還有著名書法家題刻的篆書“拜石”和隸書“龍窟”等題刻。
到了明晚期，廣州西湖淤塞情況更加嚴重，湖面逐漸縮小，最後由湖變池，再後來水著市街的展拓，就只剩下了壹個西湖路名。
“九曜園”有幸保存了下來。雖然不大，但以石為名，當年九曜石上面還鐫刻著壹些宋代文人的書法碑刻，其中以宋代米芾的“藥洲”兩字最為有名。
清時，著名書法家在遊九曜園時，也曾在壹塊名叫“藥洲石”的奇石上留下石刻。藥洲石位於九曜園湖中偏西處，形如筍峰，高2.4米，上刻翁方鋼題“藥洲”兩字。
當時，清代詩人吳蘭修曾有“九星墜地化為石”、“天然九朵芙蓉瘦”等贊美九曜園的詩句。另外，清代的另壹位詩人趙均的長詩也對九曜園內的九曜石曾作了逐壹的描繪。
由於九曜石知名度大，以至清代，附近的華佗廟亦稱“九曜古廟”，廟旁的橋也稱九曜橋。附近壹帶形成街道後則稱九曜坊。
但是，到清晚期，九曜園遺存的太湖靈璧石則只剩下米題“藥洲”石、仙掌石、海上洲石、九曜第壹石、藥洲石、池東石、白色中空石和珠泉石8塊了。
池東石位於九曜園內的東端，上下兩塊石相疊，上石較小，狀如黑豬，下石形如巨龜，重約16噸。石身有荷葉似的泡沫小孔。白色中空石位於在“藥洲”石西面，上面留有清人的題刻兩處。
珠泉石坐落在九曜園內西南面，西面刻“珠泉”，東面刻“釣磯”。此外，還有較大的6塊石則散落於九曜園園內西南角及西岸、北岸石間。