元·至元二十六年（1289），元政府開鑿東平安山至臨清的運河河道，上接濟州河、下通衛河，並以“開魏博之渠，通江淮之運，古所未有，詔賜名會通河”（《元史·世祖紀》）。元明清時期，會通河壹直是南糧北運以及南北經濟文化交流的重要通道，聊城也得益於京杭大運河漕運的興盛，經濟繁榮、文化昌盛達400年之久，至今聊城運河沿岸還保留著大量十余處水利工程設施及其他重要文化遺存。
京杭運河山東段全長510.6公裏，始於隋煬帝大業四年（608）永濟渠的開通，使涿郡（今北京）可通過水路至山東西北德州、武城、臨清等地。至元二十年到二十六年（1283-1288），元政府先後用大批人力開通了濟州渠和會通河，與過去經過山東境內的永濟渠相連接，形成了南起微山湖、北到德州的整個山東境內的水路交通線。元代後期由於中原地區戰亂不休，運河壹度處於停運狀態。明朝永樂年間，又對運河山東段進行全面疏浚，興建了壹系列保持水勢的設施，使運河全線暢通。這種狀況持續了四百年之久。清鹹豐五年（1855），由於黃河改道，將山東境內運河沖為南北兩段，從而無法保持全線的暢通，運河運輸能力大為削弱。光緒二十七年，清政府下令廢止了河運。