毗盧寶殿又名大雄寶殿，為寺內主殿，重建於1994年。殿內正中供奉三身佛中的毗盧佛（法身佛像）。兩邊供奉文殊，普賢二大菩薩，東西兩旁供二十四諸天。
觀音殿：
雞鳴寺觀音殿內供奉的觀音像面北而坐，殿門的楹聯寫道：“問大士為何倒坐，嘆眾生不肯回頭”。
豁蒙樓：
豁蒙樓位於雞鳴寺最高處。清末，兩江總督張之洞曾多次和學生楊銳登臨雞鳴寺。戊戌變法失敗、楊銳等“六君子”死難後，張之洞在雞鳴寺倡建此樓，以杜甫詩句“憂來豁蒙蔽”命名，作為紀念。張之洞題：“勝地何常經浩劫，斯樓不朽奈名傳”，梁啟超題：“江山重疊爭供眼，風雨縱橫亂入樓”。現已改建成雞鳴寺百味齋。
香臺：
雞鳴寺的香臺在平臺的南側，臺前有支紅色巨蠟，火光很旺，外側臺上是壹排燃著的蓮花油燈，可供香客燃香；內側平臺上擺放的則是壹柱柱燃著的香，煙霧繚繞。臺的內側是壹個深坑，通著下面的壹層平臺，香灰燃盡落入坑中，積多了，便有僧人從下面的石洞清理幹凈。香臺有個頂棚，想來是下雨的日子，可以避免那香灰和了泥巴吧。
胭脂井：
胭脂井為南朝陳景陽殿之井，隋開皇九年，隋文帝發兵滅陳，隋軍攻入臺城之時，陳後主與其妃張麗華、孔貴嬪藏入胭脂井，後被隋兵發現而成為俘虜，故又名辱井。俗雲“石井欄石脈”，以帛拭之，作胭脂色，故名“胭脂井”，又叫“辱井”。