明代京都平面呈凸形，面積約25.4平方公裏。有九個內城和七個外城。宮城位於內城的中心，也被稱為紫禁城。它基本上沿著元大內舊址，被壹條護城河即桐梓河環繞。宮城以午門-玄武門為中軸線，前三大殿依次排列為:奉天殿(後改為內廷)、蓋華殿(後改為中繼殿)、神神殿(後改為極地宮)；後三大殿:幹青宮、交泰宮、坤寧宮；前者主要用於舉行儀式和重要的宮廷會議，後者是皇帝處理日常政務和生活的地方。次要建築嚴格對稱地排列在兩側。宮城後被人為堆成萬歲山(今景山)，意在壓制前朝的“風水”，故又稱鎮山。宮城前，左有祠堂，右有國壇，宮外建有皇城。皇城的正門是壹條從承天門到南面大明門的寬闊大道。東側有禮部、戶、官、兵、工等五個中央機構，西側有五個軍事督撫署。大城市的大明門和正陽門之間，有壹個商業中心，相當繁華。此外，在南郊還修建了規模宏大的天壇和山壇(後更名為先農壇)，在東郊、西郊和北郊還修建了祭壇、月壇和地壇。皇城以前是土墻，後來逐漸用磚砌成。嘉靖三十二年(1553)，為加強北京防禦，修建了包圍南郊的外羅城。七個名字至今仍在使用。原計劃是四面修建外羅城，但因財力不佳，只在南部修建。
從洪武開始到永樂，山西、山東等地數十萬移民遷居北京及其周邊地區，南遷富民，充實都城。結果，北京人口大量增加，耕地擴大，農業發展。在修建宮殿的過程中，大興、宛平兩縣附設了大量從全國各地招募的工匠，使北京的手工業全面發展。為了滿足北京政治中心和文化中心的需要，各種奢侈品、手工藝品、文化用品的制造和進口也大大增加。但是北京的糧食並不能自給自足，統治者巨大的消費和軍事需要，使得每年從南方進口大量的糧食十分困難。同時，由於北京地處明朝北部，靠近塞外蒙古統治區和後金(清)政權。隨著軍事力量的衰落和政治腐敗，長期受到北方入侵的威脅，明中後期更經常出現蒙古軍和後金軍兵臨城下的局面。
崇禎十七年(1644)，李自成農民起義軍三月進京，四月二十日撤退，五月清軍入京。9月，清朝的始祖福臨從沈陽遷都北京。清朝沿襲了明朝都城和宮殿的建制，只是局部翻新重建，很少增建，大部分建築甚至沒有改名。