統壹日本的足利幕府第三代將軍足利兇光也想消滅南朝殘余，打擊海上盜賊。同時，他也想與明朝發展貿易，獲取豐厚的利益。結果，兩國恢復了關系。在明朝成祖統治時期，雙方建立了兼並的貿易關系。明朝給足利幕府貿易證，也就是吞並，日方來中國朝貢貿易。明朝發展對日關系主要是為了消除倭寇對中國沿海地區的侵擾，幕府積極追捕倭寇就足夠了。足利義光死後，他的兒子足利義持改變了政策，雙方貿易中斷，日本人不再鎮壓日本海盜。足利兇光時期略顯克制的倭寇劫掠行為，在中國沿海地區蔓延開來。
後來足利時期，中日貿易恢復。成化三年，即日本任瑩元年(1467)，日本進入戰國時期，顯示了幕府的衰弱和調查貿易制度的破壞。為了獲得與明朝的貿易權，壹些衛戍名將搶奪查勘，打著貿易查勘的名號從事盜版活動。明朝嘉靖中期以後，中日兩國的測量和貿易完全斷絕，日本的侵略日益嚴重。
明初，由於國力強盛，重視海防，倭寇未能釀成大禍。正統之後，隨著明朝政治的腐敗和海防的放松，倭寇的氣焰日益囂張。正統四年(1439)，侵華日軍侵占浙江臺州陶鑄村，殺人放火，挖墳，甚至把嬰兒綁在桿子上，用開水澆，看著嬰兒哭，拍手大笑。敵人犯下的罪行給中國人民帶來了痛苦和災難。
嘉靖年間，隨著東南沿海地區商品經濟的進壹步發展，對外貿易相當發達。沿海的民間海上貿易也很活躍。壹些海商，如大甲、浙江、福建等，為了牟取暴利，無視朝廷的海禁，與“洋商”進行貨物交易。他們成群結隊地組成海上武裝走私集團，有的甚至逃往海外，在各個島嶼上與日本海盜勾結，在沿海進行掠奪。這些海盜商人，如知望、徐海等，與日本海盜勾結，使日本人的苦難越來越深重。與此同時，壹些明朝官僚也與這些土匪建立了聯系。嘉靖二十七年(1548)，明朝派朱碧為浙江巡撫兼福建軍務。朱碧上臺後，封鎖海上，殺害了96人，其中包括在日本的李光頭。朱碧的海上禁令侵犯了日本官僚和富人的利益。他們指示朝鮮官僚攻擊朱碧進行殺戮，結果朱碧被迫自殺。從此巡撫大臣不立，面朝外，不敢再提海禁。敵人變得更加猖狂。
敵人犯下的滔天罪行給中國人民帶來了嚴重的災難。憤怒的中國人民組織起來自衛抗擊日本人。嘉靖三十壹年(1552)，日軍入侵南匯縣，閔典等人籌數千人應戰。同年，日軍入侵松江，潁州商人孫屯捐資助軍。他還派人回老家動員子侄參加抗日鬥爭。當時有“吳中倚長城”的說法。嘉靖三十四年(1555)，由苗、漢、壯、瑤等民族組成的抗日軍隊，在明朝愛國將領的率領下，在王(嘉興北)擊敗日本侵略者，陣亡2000人。這是嘉靖年間抗日鬥爭的壹大勝利，被稱為“日寇入侵以來的第壹次”。嘉靖三十七年(1558)，倭寇入侵定海，城內居民誓死抵抗。敵軍轉向長樂，城墻坍塌數十米。成千上萬的居民排隊拒絕戰鬥，誓死捍衛。同年，日軍進攻揚州，數百名各地商人參加守城。高姓商人開槍打死日本頭目，揚州城得以保全。
抗日戰爭中湧現出以戚繼光為代表的愛國將領。依靠人民的力量，在抗日戰爭中屢建功勛，最終取得抗戰勝利。