梅芳姑因恨石清移情別戀，因而搶走剛出生的石中堅（即後來的石破天）。石破天被帶至熊耳山，經常遭到梅芳姑打罵。梅芳姑叫他做“狗雜種”，他便以為這就是他自己的名字。石破天從小學會了砍柴、做飯等種種家務，卻大字不識壹個，於世事、人心更是壹無所知。壹天梅芳姑忽然不見了，石破天自小相伴的那條叫“阿黃”的狗也不見了，便出去到處尋找，結果人和狗都沒找著，自己卻迷了路。
當石破天來到壹個叫侯監集的小鎮上時，適逢許多武林人物為壹枚“玄鐵令”大動幹戈，他是個小乞兒的樣子，誰也沒註意，卻因為饑餓太甚，撿了個混戰中撒落在地的燒餅吃，意外地得到了“玄鐵令”。正在眾人發現，各各威逼利誘之時，玄鐵令的主人“摩天居士”謝煙客適時趕到，將玄鐵令奪回 。
謝煙客怕眾人教唆石破天幹不利與他的事，因而將石破天連令帶人壹起攜走。因為梅芳姑的教育從不求人，因而謝煙客無論怎麽利誘都無法使石破天求他 。
謝煙客無奈只好帶他回自己隱居的摩天崖，途中石破天遇見幾個武林人物圍攻壹個叫大悲老人的老頭，便挺身而出，雖然沒救成大悲老人，卻在他臨死之前做了大悲老人的朋友，得了他壹套載有武功的泥人。到了摩天崖，謝煙客傳授石破天兩種極陰、極陽的內功，想讓他走火入魔而死，以絕後患 。
石破天長到十八九歲時，修煉武功時經脈相互激烈沖撞而至昏迷，恰逢長樂幫眾人誤以為石破天是他們的幫主，將他劫回幫中。幫中的醫道高手“著手成春”貝海石將石破天救活，反而成就了他“陰陽合壹”的無上內功。貝海石等人知道“狗雜種”不是真的石破天，但因他長相與石中玉酷似，當初石中玉偶遇長樂幫，因長樂幫上下無人出任幫主接受賞善罰惡令赴俠客島送死，於是拱他出任長樂幫幫主石中玉不久也明白長樂幫的用意，於是逃離長樂幫總舵淪為乞丐。人算不如天算石中玉又被長樂幫西北分舵抓住了。貝海石命令西北分舵馬上把石中玉押解到長樂幫總舵。沒想到石中玉又耍詭計逃走了軍師貝海石無奈，石中玉逃回玄素莊沒想到被梅芳姑截走誰想到貝海石卻說幫主已經回到了長樂幫還說幫主這次只是受了點驚嚇等身體康復就會來料理幫內大事為了恭賀幫主回來幫主決定遍撒綠林貼廣招天下所有的英雄豪傑相聚長樂幫特別是石清閔柔夫妻鬼祟妳們倆個人就去請石清閔柔夫妻鬼祟二人來到了玄素莊石清說妳二人是誰鬼說我二人是到長樂幫的差役奉幫主之命特請二位去長樂幫的石清說這麽說妳們幫主回長樂幫鬼說那是那是閔柔說是玉兒祟祟說幫主吩咐請二位老人家越快越好閔柔說我們這就上路貝海石說“真是稀客敝幫能有黑白正直雙俠光臨真是三生有幸。石清說貝先生我石清今日造訪貴幫只是想見我的玉兒。貝海石說不忙不忙二位請鬼說祟祟今天的事有點不對祟祟說我也感覺有點不對鬼說妳說幫主的爹娘來了幫主竟然沒出來迎接祟祟說妳這就外行了吧這叫大尾巴狼玩深沈妳想啊幫主統領數萬弟兄八面威風他能掉這個價嗎鬼說也是幫主他媽可夠年輕的祟祟說妳癩蛤蟆想吃天鵝肉那是幫主他媽要是讓幫主知道了非得讓妳上刑石臺石清說貝先生既然我的玉兒已經回幫那就請讓我把他帶走吧貝海石說不錯令郎是本幫幫主也是我們大家推選的他年輕老成德高望重才智過人武藝超群實在是難得的人才。石清卻說貝先生真是高擡犬子了貝先生主持長樂幫日理萬機幾年的時間就把長樂幫變成江湖上人人盡知的泱泱大幫真是可喜可賀不過我的玉兒年輕的很肩太嫩擔當不起如此重任妳還是讓我把他帶走吧。貝海石說“貝某暴病多年石莊主真是高擡我了二位大俠貝某備了些水酒便菜不知二位肯不肯賞光接孩子回家的事我們還可以再商量是不是石清說好那我們就打擾了 鬼說妳說幫主的父母來了他怎麽不見呢祟祟說要妳怎麽說有高人三人行必有我師鬼說“妳說幫主怎麽能這麽做啊祟祟說還不是給他們壹個意外的驚喜鬼說幫主行事總是不合規矩祟祟說要不人家怎麽當幫主鬼說我明白了咱們做事循規蹈矩所以做不了幫主這不循規蹈矩的人才能做幫主貝海石說長樂幫雖然不是武林至尊卻還可以和雪山派抗衡眼下雪山派正在緝拿幫主這中間又有不三不四在中間攪擾難道二位大俠能確保幫主平安無恙嗎石清說當然能有我石清在世上就有公理在。貝海石說什麽公理呀？石清說我石清不是沽名釣譽之徒石破天本是石中玉他既然違犯了雪山派的門規犯下罪錯我夫妻也應該先帶他去淩霄城聽從發落倘若僥幸生還我會親自把他帶到貴幫的閔柔說我們夫妻說話何時又不算數了近壹年我們走遍天涯就是為了要找到我兒中玉既然妳們迎他回歸這也是有緣分了。石清說貝先生我們是不是貝海石說幫主在上風雨臺休息我們做屬下的實在不敢去打擾閔柔說我們何時才能見到玉兒我已經等得不耐煩了祟祟說貝先生幫主醒了請妳去風雨臺議事貝海石說妳馬上去告訴幫主石莊主夫妻已經到二位大俠咱們現在就壹起去風雨臺見幫主吧石清說貝先生請帶路貝海石說二位稍等屬下貝海石拜見幫主閔柔說他們幫裏的規矩這麽多貝海石說二位請閔柔說玉兒玉兒我們可石清閔柔夫妻掉進了監獄閔柔說“妳們幫主我的玉兒決不會饒過妳們的。貝海石說閔大俠在下也是有苦難言敝人正是奉了幫主之命沒有我的命令誰也不能見石清閔柔夫妻妳們倆個要嚴加防範石清閔柔夫妻絕不能放走石清閔柔夫妻明白嗎。”鬼說“屬下有些不明白。”貝海石說“妳講。”鬼又接著說“妳說妳把石清閔柔夫妻扣押起來幫主他還能回來嗎？”貝海石說“幫主是個大孝子我們扣住石清閔柔夫妻就是為了要請幫主回來江湖上十年壹次的劫難日益臨近妳們說幫主不在我們能抵擋得住嗎。”祟祟說“不能。”貝海石又接著說“鬼祟聽著傳令遍撒綠林貼讓天下所有的門派都知道石清閔柔夫妻已經到了我們長樂幫。祟祟說“貝先生萬壹幫主壹輩子不回來我們是不是要供奉石清閔柔夫妻壹輩子。貝海石說“我再說壹遍妳們倆個要嚴加防範石清閔柔夫妻絕不能放走石清閔柔夫妻石清閔柔夫妻萬壹有個閃失別怪我貝某。石清說道石清啊石清妳聰明壹時糊塗壹世大風大浪都過來了今天怎麽就翻在小河溝。”閔柔說“清哥都怪我不好這些年我思兒心切還把妳拖累成這樣。石清說閔妹什麽都不要說了妳也不必自責我石清何嘗不是思兒心切。閔柔說玉兒就算再糊塗也不至於把我們扣在這好端端的壹個人怎麽會變成了這樣自從在水磨坊見到玉兒後我的心都快碎了。侍劍來監獄送飯，閔柔說姑娘告訴妳們幫主他的父母石清閔柔夫妻到了長樂幫我求求妳了壹定要把話帶給妳們幫主。祟祟說“我倒是可以給妳送信那得需要些黃的。鬼說這年頭說話的時候響當當。祟祟說“給錢的時候就都打焉了。閔柔說“我求求妳們把石清放下來時間長了血脈不通他會變成殘廢我求妳們。鬼說這就叫是龍妳得盤著是鳳妳得臥著要放他那得等到鐵樹開花。祟祟說妳看閔大俠這棵老鐵樹不是已經開花了嗎。侍劍去了貝海石的房間看見貝海石睡著了就拿走貝海石的扇子誰知貝海石突然醒過來了貝海石說這扇子侍劍說剛剛貝先生睡著了我怕這扇子掉在地上我給妳送到書房去貝海石說給我吧侍劍說貝先生我給妳沏壺茶吧貝海石說這些日子辛苦妳啦早點回去休息吧侍劍說我覺得不太舒服貝海石說來孩子我給妳把把脈心火上升夜不能寐不要緊回頭我給妳開方子侍劍說我現在覺得頭痛得厲害心裏發慌貝海石說這樣吧我這裏還有壹些我過去配制的丸藥我去給妳拿壹下侍劍趁著貝海石在藥櫃裏找藥把扇子拿走了來到監獄說貝海石要放了石清閔柔夫妻。鬼說這不對呀貝先生怎麽又中途改變主意了。侍劍說我怎麽知道。祟祟說是啊侍劍姐姐貝先生那可是深不可測。”鬼說“這不對呀放走了石清閔柔夫妻二人幫主什麽時候能回來呀。祟祟說是呀我得去問問貝先生。”侍劍說“難道妳們連貝先生的命令都不聽了。祟祟正要打開鐐銬。鬼說“等等我總感覺這件事有蹊蹺貝先生還說什麽了。”侍劍說“貝先生說石清閔柔夫妻二人知道幫主的下落放了石清閔柔夫妻幫主自然就會回來這叫引蛇出洞。”祟祟說“引蛇出洞有石清閔柔夫妻二人幫主都沒回來若放了幫主什麽時候能回來呀。侍劍說貝先生運籌帷幄難道幫內有什麽大事都得讓妳們知道不成好妳們不放石清閔柔夫妻是吧我這就告訴貝先生。鬼說別我們放就是了。侍劍又送他們到了城外裏說“石大俠其實幫主根本就沒有回幫中我已經把馬給偷了妳們看翻過前面那坐山就到江邊。說完侍劍就回去了在路上遇見了鬼祟。鬼說妳把我們倆都耍了侍劍妳可真會吃裏扒外呀妳盜走了貝先生的扇子放跑了石清閔柔夫妻。祟祟說說妳把石清閔柔夫妻藏哪了。侍劍說石清閔柔夫妻已經過江了這個時候貝海石趕來了把扇子給拿回去了說道真想不到妳妳從小失去父母我苦苦把妳撫養了十幾年妳就這們對待我。侍劍說貝先生我也是為了妳好啊妳想那石清閔柔夫妻真有個什麽閃失我怕幫主回來不好交待呀。貝海石說那妳就不怕我嗎真是越親近的人越難防侍劍妳太讓我失望了。侍劍說“那我這就去死。貝海石說那好我成全了妳。侍劍說貝先生不用勞妳大駕妳常告訴我士為知已者死為了幫主我甘願。侍劍準備服毒自盡貝海石搶下毒藥說若不念在我撫養妳十幾年的份上。最後貝海石決定把侍劍趕出長樂幫 只得找了忠厚老實但相貌酷似石中玉的石破天來因此故意將錯就錯，讓他冒名頂替，以替他們消解即將到來的災難，貝海石在他昏迷時用手術弄上去肩上的疤痕 。
在昏迷時，丁珰偷來玄冰碧火酒壓住了他體內陰陽二息的交拚。在石破天醒來後又練起了泥人上武功而內息力道混亂至，這時展飛因為石中玉曾調戲其妻子的緣故而對石破天檀中穴出了壹掌。也使得震得石破天吐出丹田內郁積的毒血，水火既濟，這兩門純陰純陽的內功非但不再損及他身子，反而化成了壹門亙古以來從未有的古怪內力。隨後石破天幫助展飛瞞下了罪行，使得侍劍也對他另眼相看 。
後獅威堂陳沖之以為得罪石破天並誤以為被下毒，便帶石破天去關押花萬紫的地方，石破天見到後便要求把花萬紫放走。之後遇上丁珰，並被帶去見丁不三。丁不三得知玄冰碧火酒被石破天喝掉，因而威逼石破天與丁珰結婚 。
在石破天揭開丁珰紅蓋頭時，貝海石相告雪山派的人前來問罪。
石破天便回到長樂幫，見到白萬劍等人。種種誤會之下石破天被白萬劍捉走，後遇到石清、閔柔。之後石破天被丁珰、丁不三救出。丁不三見其太笨，要求他十天內打敗白萬劍。後來丁珰為了保護石破天將其扔到白阿繡的船上。
丁不四想要史小翠讓上碧螺島，史小翠要求其傳授石破天武功並打敗石破天才行。但因石破天內功渾厚，丁不四便與石破天壹直耗著。快到碧螺島時，史小翠便與阿繡壹同跳入江中，石破天為救她們也向江中跳去 。
三人被江水沖到了紫煙島，在島上史小翠收石破天為徒，為了勝過雪山派便並讓他改名“史億刀”，隨後傳授“金烏刀法”。在練武過程中，阿繡為了以後父親的面子，也教了石破天壹招“旁敲側擊。
雪山派白萬劍等人與丁不三、丁不四都來到紫煙島便大打出手，石破天為救白萬劍等人而與其聯手 。
隨後眾人離開後石破天也找不到史小翠、白阿繡，便也乘船離開紫煙島。
後石破天遇上俠客島的賞善懲惡二使張三、李四，並喝了他們的藥酒，並結為兄弟，後來也救了二人性命 。
石破天在上清觀遇上了石清、閔柔，為了幫助二人拿到兩塊銅牌誤傷照虛、通虛。後來天虛向石清、閔柔問罪時又使其中毒，誤會澄清後，石破天為三人解毒，並與石清、閔柔離開 。
石清、閔柔意識到石破天是被長樂幫用來接”賞善罰惡令“，並壹同前往長樂幫 。途中石破天遇上丁珰，便被帶走。後遇上丁不四和關東四大門派的人，石破天救了關東的人。
在長樂幫中，張三、李四幫助石破天解開了種種誤會，見到了與自己相貌壹樣的“石中玉”，而後石破天仍以幫主的身份接了俠客島的“賞善懲惡令”，石中玉則被石清、閔柔帶去雪山派領罪 。後來丁珰為救石中玉，將石破天替換掉了石中玉。
石破天等人趕回雪山派，石破天憑借自己的蓋世神功消解了雪山派的門戶之變，治好了白自在的瘋病。這時謝煙客在石中玉的唆使下，趕來向雪山派尋仇，但石破天的出現終於使壹切真相大白，石破天這時求謝煙客帶走石中玉直到變好為止，而丁珰也徹底棄石破天而去 。
不久石破天隨白自在等武林高手持令前往“俠客島”，在島上經歷壹番驚險後，終於弄明白了三十年來許多武林高手前往“俠客島”壹去不返的真相：島上壹個山洞裏的石壁上刻著“詩仙”李白的那首叫做《俠客行》的五言古詩，其中隱含了壹項絕頂神功《太玄經》 。
俠客島主從中土以賞善懲惡令逼來眾多武林高乎，只是為了壹起參詳這項神功，但各人見仁見智，誰也破解不了，而對武學的酷嗜，卻使這些人面對石壁神智癡迷，再也不想離開這個山洞，石破天聽著眾人的爭論，看著他們癡迷的樣子，只是感到害怕，卻不明所以。眾人都在詩句分解註釋的各個小山洞，他因為不識字，在那兒既害怕又看不出個究竟來，便來到刻著整篇詩的大洞。不料他往石壁上壹看，目中所見都是壹把把形態、劍勢、劍意各各不同的利劍，所有的文字於他毫無實際的意義可言，他順著劍勢、劍意看去，內息自然而然隨之流動，手舞足蹈，待得從頭至尾看完壹遍，這項《太玄經》神功已是被他練成了 。
回歸中土後，救下了正跳入海中的史小翠、白阿繡。後為解壹樁武林疑案，他隨丁珰的叔祖“壹日不過四”丁不四等去尋找他的女兒，終於又回到了小時候居住的荒山。
梅芳姑得知石清變情正是自己太過優秀，而後自盡，石破天的身世便也難明白 。